获取种子是开展农场经营的基础，主要途径是通过游戏内的商店直接购买。玩家可以在皮埃尔的杂货店或Joja超市购买到当季的普通作物种子，这是最稳定可靠的种子来源。游戏进程推进，完成特定任务后，例如在姜岛集齐一定数量的金核桃并从齐先生处获得皮埃尔丢失的清单并归还后，还可以解锁购买各季节种子的特殊能力。
除了直接购买，玩家可以通过多种探索与互动方式获得种子。在野外进行觅食活动，可以收集到各类野生种子，这些种子通常与当前季节的植被相对应。使用种子生产器将收获的农作物放入，是另一种可持续获得种子的重要方法，它能够将果实重新转化为种子，尤其对于持续种植高价值作物至关重要。游戏中的旅行货车会在周五和周日随机出现，有几率出售一些稀有或非当季的种子，虽然价格浮动较大卡车司机人生模拟，，但它是获取特殊种子的一个补充渠道。
部分特殊和稀有种子有其独特的获取机制。古代种子作为一种稀有古物，不能直接种植，需要通过挖掘远古斑点、从钓鱼宝箱中开启或击败矿洞中的特定怪物有小概率获得。获得古代种子后，将其捐赠给博物馆，便可从馆长冈瑟处获得可种植的上古种子配方及第一包种子，此后也可通过种子生产器将上古果实转化为更多种子。类似的，稀有种子则可以通过向博物馆捐赠特定数量的物品作为奖励获得，或从旅行货车处购买。
季节变化与游戏进程深度影响着种子的获取策略。商店中出售的种子种类会随春、夏、秋、冬四季更替而完全变化，因此提前规划作物种植周期并储备种子是必要的。不同季节在户外能够采集到的野生种子种类也各不相同。玩家耕种技能等级的提升，会逐步解锁更多高级配方，包括制造高级洒水器以节省日常劳作时间，从而将更多精力投入于开拓新的种子获取途径与扩大再生产。