要前往口袋妖怪火红中的第二岛，首先需要完成主线剧情至获得第七枚徽章后触发七岛剧情。在红莲岛的道馆击败馆主夏伯后，他会主动提出带玩家乘船前往第一岛。抵达第一岛后，前往岛屿北部的PC中心左侧的火箭队游戏厅，击败内部的火箭队成员并解救被绑架的研究员，随后在岛屿南部的码头与船长对话即可解锁前往第二岛的航线。
从第一岛乘船抵达第二岛后，首要任务是解决岛屿中部卡比兽挡路的问题。需要先前往紫苑镇的精灵塔顶层获取精灵笛，返回第二岛对卡比兽使用后即可唤醒它。第二岛的主要设施包括位于岛屿东南角的回忆技能小屋，这里可以让宝可梦重新学习遗忘的技能，需要消耗特定树果作为代价。岛屿北部设有训练师塔，是提升队伍等级的重要场所地下城堡3伊泽瑞尔下一关怎，。
岛屿西侧需要通过冲浪术抵达的遗迹区域藏有重要道具天仙月（寻道回合），，而东部山区则需要碎石术开辟道路。岛屿西南角的山洞内设有特殊机关，需要按照特定顺序推动岩石才能进入深处获取隐藏物品。这些区域都分布着等级较高的野生宝可梦和训练师，建议队伍平均等级达到40级以上再尝试探索。
完成第二岛探索后，继续剧情需要前往第三岛。返回码头与船长对话选择目的地，航行途中会遭遇随机水上训练师对战。第二岛作为七岛之旅的重要中转站，其特殊的地理位置连接着多个后续剧情岛屿，建议在离开前充分补给并整理队伍。岛上商店出售的进化石和技能机器具有较高实用价值，可根据队伍配置适当采购。