火影忍者手游只能在段位赛模式下执行忍者禁用操作，忍术对战休闲对局没有禁用环节，玩家可以提前预设禁用列表，也可以在对局ban选阶段手动完成禁用，被选中的忍者对战双方都不允许选用。想要提前设置禁用名单，进入决斗场界面点开忍术对战板块，找到自选阵容按钮，切换到忍者禁用栏目，把经常遇到且难以处理的忍者添加进去，保存锁定之后，进入段位赛ban选界面，预设好的忍者就会排列在列表最上方，省去翻找忍者的时间，避免倒计时结束来不及完成禁用的问题。很多玩家会忽略锁定步骤，只添加忍者却不确认锁定，到正式对局时预设名单不会生效，依旧会碰到不想面对的忍者，这点在设置的时候需要格外留意。
不同段位对应的可禁用忍者数量存在区别，见习、下忍、中忍区间，对战双方各自只能禁用一名忍者，上忍及以上段位，双方可以禁用两名忍者，暗部、影级段位还会继续提升ban位上限，段位越高，能够限制的强势忍者就越多。对局开启匹配成功之后，会自动跳转至禁用阶段，界面会给出固定操作倒计时，蓝方拥有先手禁用权限，完成操作后轮到红方执行禁用，全部ban选完成，才会进入忍者挑选环节。带有皮肤形态的忍者，只禁用皮肤形态不会生效，需要选择对应的本体忍者，被禁用本体之后，该忍者全部皮肤形态都会被锁住，对手无法选用该忍者的任意版本。
合理的禁用选择会直接改变对局走向，不要盲目禁用高热度忍者，优先选择克制自身主力阵容的角色，如果自身主打近战突进打法，就优先禁用远距离消耗、具备大范围拉扯能力的忍者，减少被对手远程消耗压制的局面。若是己方缺少应对霸体的手段，则优先禁用自带高频霸体、起手能力强的角色，降低对局的对抗压力。同时也要兼顾对手大概率会选择的忍者，预判对手常用阵容，提前限制对方的核心战力，给后续选忍者环节留出更大优势。完成禁用之后的选人阶段，还要搭配适配的通灵、秘卷，被ban掉强势忍者之后，阵容之间的博弈会更加看重秘卷和通灵的配合，根据剩余可用忍者，搭配能够补足起手或者反手能力的秘卷，进一步提升对局胜率。
部分新手玩家会出现禁用无效的情况，除了预设名单没有锁定之外，还有模式混淆的问题，只有段位赛才开放禁用功能，普通忍术对战、羁绊对战都没有ban选步骤，在这些模式中无法限制忍者出场。同时禁用只会针对单场段位赛生效，对局结束之后不会保存本次ban选，下一局需要依靠提前预设的名单再次挑选禁用对象。熟练掌握禁用机制之后，可以避开大量版本强势角色带来的对局劣势，降低被强势忍者碾压的概率，让阵容博弈更偏向操作和阵容搭配，这也是段位赛上分过程中不可忽视的关键细节。