军师万能石的核心用途是替代指定军师魂石，用来完成军师升星和后续培养，不是直接增加战力或升级计谋。进入游戏主界面“军师”，选择需要培养的军师，点击“培养”后进入“升星”界面，再点击右下角的“万能魂石”按钮，选定需要兑换的军师魂石数量，确认后即可补足当前升星缺口。军师升星主要消耗对应军师碎片，并会影响法器等养成效果，因此万能石应集中用于长期上阵、专属魂石来源较少的核心军师。
实际操作时应先查看目标军师当前还缺多少魂石，再决定兑换数量，避免一次性全部使用。具体顺序是“军师—目标军师—培养—升星—万能魂石—选择专属魂石—确认兑换—返回升星”。如果专属魂石已经满足升星要求，就不要额外消耗万能石；如果只差少量魂石，可以按缺口补齐，完成升星后再检查下一星级的需求。万能魂石兑换后会转化为指定军师魂石，通常不能再恢复成通用资源，所以确认目标军师和数量后再点击确定。
不同阶段的使用优先级应有所区别。开荒期优先使用主线、活动和市场能够稳定获得专属魂石的军师，万能石先保留，只有在差少量魂石就能升星、且该军师马上要用于推图或竞技时才补缺；中期应集中投入一名主力军师，优先让其完成关键升星，避免把资源平均分给三四名军师导致全部卡在低星；后期则根据固定阵容确定唯一核心，阵容依赖控制、治疗或范围增益时，优先提升能直接强化这些效果的军师。普通军师若能通过日常玩法稳定获得魂石，应优先使用专属资源，万能石留给稀缺军师更划算。
万能石的价值取决于能否尽快形成有效战力，因此使用前要结合当前玩法判断收益。推图卡关时，补齐主力军师升星可提升法器效果和相关属性；竞技场或沙盘演武中，则应优先保证核心阵容的军师达到能稳定释放计谋、提供控制或增益的培養階段。兌換數量以當前升星界面顯示的缺口爲准，不要依据其他玩家的碎片数量照搬。每日获得万能石后可先存入仓库，等专属魂石、阵容定位和升星缺口都明确后集中使用；市场兑换时，也应先满足主力军师的专属魂石需求，再将剩余资源换成万能石储备。