口袋妖怪火红中可捕捉的神兽包含急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦，还有雷公、炎帝、水君三圣兽，以及需特殊船票解锁的洛奇亚、凤王和代欧奇希斯，这些神兽分布在关都地区不同场景，部分需达成特定条件才能遇见捕捉。急冻鸟位于双子岛深处，要从枯叶市附近水路抵达，洞穴内需用劲力推开岩石，调整水流形成通路后，在最底层冰寒区域可找到50级的急冻鸟，它兼具冰与飞行属性，对战时火系技能伤害翻倍，建议携带水系或岩石系宝可梦应对，捕捉前先存档，用技能将其血量压至红血状态，搭配睡眠或冰冻异常状态提升捕捉成功率。
闪电鸟藏身于无人发电厂，从枯叶市右侧码头冲浪穿过水域即可到达，发电厂内部结构复杂，沿着左侧墙壁行进可快速抵达深处，50级的闪电鸟在此驻守，电与飞行的双属性让地面系技能完全无效，对战时优先选择岩石系、冰系宝可梦，用高伤害技能消耗其血量，同时备好充足的超级球、高级球，战斗中持续控制它的状态，避免其用高伤害电系技能团灭队伍，捕捉时耐心循环投球，直到成功收服。
火焰鸟在1号岛的灯火山顶，抵达1号岛后沿山路向上攀爬，穿过熔岩遍布的洞穴就能到达山顶，50级的火焰鸟在此栖息，火与飞行双属性让它被水系、岩石系技能四倍克制，捕捉前准备好对应属性的强力宝可梦，先存档再触发对战，用克制技能快速压低血量，再换具备催眠技能的宝可梦控场，火焰鸟攻击较高，注意及时回复己方宝可梦血量，投球时优先使用高级球，也可准备时间球，战斗回合数越多时间球效果越好，大幅提升捕捉概率。
超梦是游戏中强度顶尖的神兽，需完成七之岛全部剧情后，才能从华蓝市左侧水域冲浪进入华蓝洞窟，洞窟内部迷宫复杂，需借助冲浪、攀瀑技能逐层深入，最底层可遇见70级的超梦，它的超能力系特攻极高，普通宝可梦难以抵挡，建议携带恶系、幽灵系、虫系宝可梦对抗，对战前务必存档，用技能将其血量压到极低，同时施加睡眠状态，超梦捕捉难度极高，需准备大量高级球、时间球，甚至唯一的大师球，确保能顺利收服这只强力神兽。
三圣兽雷公、炎帝、水君会在通关登入名人堂后随机游走关都地区，初始宝可梦选择杰尼龟对应出现雷公，选妙蛙种子对应炎帝，选小火龙对应水君，它们会在草丛、洞穴等区域随机刷新，遇见后会主动逃跑，需携带会挡路、催眠的宝可梦，第一时间控场阻止逃跑，再慢慢消耗血量捕捉。洛奇亚、凤王需获得神秘船票前往肚脐岩，洛奇亚在肚脐岩最深处，凤王在肚脐岩山顶，均为70级，代欧奇希斯需极光船票前往诞生之岛，通过调查陨石触发对战，这三只神兽捕捉前都要做好充足准备，备好各类精灵球与控场技能。