江南百景图中已种植的树木可通过直接清除、回收仓库再交易或用地基模式批量清理三种核心方式处理，操作简单且能灵活适配布局调整与资源兑换需求。
直接清除是最基础的处理方式，仅适用于已解锁的地块。玩家点击任意已种树木，系统会自动调配空闲居民前往清理，等待数秒即可完成移除，空地随即释放用于放置建筑或道路。需注意，未解锁区域的树木无法直接清理，需先消耗资源扩展领土，解锁对应地块后再執行操作。勞動力充足是清理順利的關鍵，若居民全部處于工作狀態，需先調整工作優先級，騰出空閑人力再操作。
回收樹木至建築倉庫並交易，是兼顧布局調整與資源利用的優選。玩家進入布局編輯模式，選中目標樹木後選擇回收，樹木會存入倉庫而非直接刪除。後續嚴大人到訪時，可將倉庫中的樹木作爲兌換道具，每棵樹木可兌換少量積分，積累積分能換取百年銀杏等稀有建築或裝飾道具，實現資源二次利用。這種方式適合暫不需要移除樹木、計劃長期囤積資源的玩家。
地基模式是批量清理隱藏或密集樹木的高效技巧。點擊應天府印開啓地基模式，地图会切换为方格显示，树木会呈现为无属性的空白方格，即使是视觉上被建筑遮挡的树木也能清晰识别。玩家可快速点击所有空白方格批量清理，避免遗漏或误操作，尤其适合后期城市密集、树木杂乱的场景，大幅提升清理效率。清理完成后关闭地基模式，即可恢复正常地图视图。
除移除操作外，合理规划树木种植也能减少后续调整成本。游戏中树木分为观赏树与资源树，松树、柳树、竹子等观赏树可提升繁荣度与环境值，适合搭配码头、书院、民宅等场景种植；桑树、桐油树等资源树可产出桑叶、桐油等物资，需集中规划种植区域，配套对应加工建筑形成产业链。前期优先种植低成本观赏树快速提升繁荣度，中期布局资源树保障物资供应，后期用树木划分功能区，兼顾美观与实用性，减少不必要的树木移除操作。