深空之眼搭配角色主要在编队界面完成，入口可以从主界面的“作战”板块进入，也能在各个玩法的出战准备页面快速调整阵容。打开游戏主界面后，找到右下角标注“前往作战”的按钮，点击就能进入关卡选择页面，任意点开一个副本，不用真正开启战斗，在出战确认的页面就能看到当前上阵的三名修正者，点击任意角色头像就可以打开角色选择列表，自由更换、搭配队伍成员。很多新手容易忽略，这里并不是唯一的配队位置，游戏还单独设置了编队功能，不用反复进入关卡就能提前预设好几套阵容。
在主界面找到编队图标点开之后，玩家可以创建多套不同的队伍方案，给每套阵容自定义名字，比如黑区专用、多维变量开荒、boss竞速队伍，不用每次打不同玩法都重新筛选角色。在编队界面不仅能挑选三名上阵角色，还能直观看到神系、属性、连携奥义的匹配情况，系统会标注哪些角色之间存在连携效果，方便玩家判断阵容的契合度。挑选角色的时候，可以按属性、神系、稀有度进行筛选，快速把同属性或者同神系的修正者挑出来，组建纯色队或者神系加成队伍，省去一个个翻找角色的麻烦。
除了专门的编队页面，各个独立玩法也自带临时配队入口。多维变量、黑区净化、历战轮回这些模式，在点击开始挑战之后，都会弹出出战队伍设置窗口，在这里可以临时调换角色，不会改动编队里已经存好的预设阵容。这个设计很实用，有些关卡存在属性抗性或者机制限制，固定的队伍不好通关，玩家可以在玩法界面临时调整成员，打完之后原来保存的编队还维持原样，不用重新配置一遍。搭配角色的时候不能只看输出高低，还要留意辅助的奥义充能、治疗、减益能力，部分角色的协律机制需要特定队友才能完全发挥作用，搭配完成后可以在出战界面简单预览队伍的连携触发条件，避免组队之后才发现奥义很难循环起来。
還有不少玩家容易混淆角色搭配和刻印、神格搭配，編隊只是確定上場人選，想要把隊伍強度拉滿，選好角色之後還要回到角色養成頁面，給每個修正者調好刻印套裝、神格路線和躍遷詞條。一套合理的队伍，主C、副C和辅助要分工清晰，就算角色选对了，如果刻印和神格路线搭配出错，实战输出和生存能力也会大打折扣。