开局阶段的操作是通关的基础，进入MZ-03副本后，首先需要向前移动至地图上的第一个蓝色图标或文件夹图标处，此操作会触发必要的剧情对话，同时身后会出现名为黑影追杀者的敌人开始追击，这是推动流程的关键前置步骤。触发对话后，你需要立即沿着场地右侧的道路前进，一直走到最右侧的另一个蓝色图标位置，在此处可以获得第一本实验手册道具，这个收集品是达成完美通关的条件之一。
获取第一本手册后会触发追杀者的进一步行动，此时需要按照特定的路线规划进行移动以规避危险。正确的做法是依据箭头指引的方向移动角色，这个过程中你会再次遭遇或定位到追杀者，继续移动至图中所示的另一个蓝色格子位置，这个操作通常被描述为启动限制屏障，其作用是暂时阻挡身后的追兵，为接下来的探索创造安全空间。屏障启动后，紧接着按照箭头方向继续前进，可以到达下一个关键点并顺利获得第二本实验手册，至此便收集齐了关卡内要求的两本手册，完成了所有的道具收集目标。
最终阶段需要解除屏障并找到出口，在拿到第二本手册后，你需要操纵角色按照一个特定的环形路线移动，围绕场景绕行一圈，最终到达地图右侧的一个蓝色标记或图标处。抵达该位置后，进行互动以免除屏蔽或启动限制屏障，此举将解除最终的通路障碍。当所有屏障被成功处理后，地图上会出现一个绿色的通道或出口图标，此时只需将角色移动至该绿色方块位置，即可成功完成MZ03关卡的挑战并顺利通关。