星际战甲木星有两个BOSS，分别是阿拉德五世（AladV）位于Themisto节点，蝠力使（Ropalolyst）位于同名独立节点，均在木星Corpus集气城市地图区域。
想要挑战木星BOSS，需先解锁木星节点。解锁木星要推进星图进程，完成火星接合点任务，击败火星BOSS莱克中尉并完成艾斯克雷救援任务，随后攻克木星接合点内的魅影，即可解锁木星。解锁木星后，打开星际导航仪选择木星，就能找到对应BOSS节点。其中Themisto节点是常规刺杀任务，可直接进入挑战阿拉德五世；蝠力使节点需先完成虚妄嵌合序言（ChimeraPrologue）任务才能解锁，是后期高阶挑战节点。
阿拉德五世是木星核心常规BOSS，与机械兽扎努卡协同作战。战斗场地为圆形开阔平台，阿拉德五世会释放闪光弹致盲、冰霜炸弹减速，还能开启电弧护盾防御；扎努卡拥有高额护盾与复活机制，阿拉德五世未倒地时处于无敌状态。打法核心是优先集火阿拉德五世，用控制技能限制扎努卡行动，待阿拉德五世血量降低倒地后，扎努卡会进入救援状态且护盾削弱，此时快速集火消灭扎努卡，防止阿拉德五世复活。击败后可获取瓦尔基里战甲部件蓝图，以及高概率掉落神经传感器。
蝠力使是木星高阶飞行BOSS，为Sentient派系，战斗在集气城市高空平台展开，平台周围设有3座电磁发生器。战斗分多阶段，首阶段需靠近电磁发生器，吸引蝠力使激光充能，再切換指揮官用虛空傷害破其護盾，隨後控制蝠力使撞擊電磁發生器；二階段需摧毀蝠力使骨液，攻擊其關節弱點，重複充能、破盾、撞擊流程，逐步擊破其防禦。該BOSS掉落wisp戰甲部件藍圖，同樣有較高神經傳感器掉落概率，適合組隊挑戰提升效率。
木星BOSS戰的戰甲與武器選擇有講究。挑战阿拉德五世时，犀牛战甲的高额护盾与控场技能、Nova战甲的范围伤害都很实用，武器可选择高爆发步枪或霰弹枪，快速破盾输出；挑战蝠力使时，优先选择机动性强、带虚空伤害加成的战甲，搭配高暴击近战武器打击弱点，同时准备增幅器辅助破盾。战斗前清理场地无人机，避免额外干扰，组队时分工明确，一人控场、两人输出，能大幅降低通关难度。