燕云十六声水下宝箱主要依靠把控屏息值、活用听风辨位，部分水下宝箱需要完成前置任务、触发机关排水或是破解洞穴谜题之后才能够正常拾取，直接下水往往会因为氧气耗尽、机关未解锁导致拿不到宝箱，不同区域的水下宝箱解锁条件存在明显区别。
普通开放世界湖泊的水下宝箱没有复杂解谜，抵达对应水域之后直接下潜即可，但是全程要紧盯屏息条，屏息值快要耗尽时立刻垂直上浮到水面换气，不要长时间停留在深水区域。开启听风辨位功能，水下宝箱会发出特殊高亮标识，能够穿透水体看清宝箱轮廓，减少在水底盲目搜寻的时间，秦川陷城湖的三处水下宝箱就属于这类，传送到陷城湖点位之后朝着湖中心前进，依次下潜，依靠听风辨位依次定位三处宝箱，中途氧气不足就上浮恢复，反复下潜完成收集即可，该区域需要先完成对应前置支线，拾取关键道具才可以完整解锁这片水域的探索权限。
部分水下宝箱藏在任务副本的封闭水域当中，需要先推进支线流程解锁水域。清河丹崖侠迹卷四红尘无眼任务内的水下宝箱，要先找到NPC天不收接取任务，跳入月湖潜入水底，开启三处铁链闸门机关，分两次下潜操作，启动两个机关之后上浮换气，再下潜开启最后一处，排干表层湖水，解开盲女雕像方位石板谜题，打开山洞石门，进入内部通道继续推进，通道内的布条陷阱要用火箭引燃，触碰会受到高额伤害，清理障碍之后才能够抵达深层水下区域。这片水下洞穴部分路段没有换气点，需要规划游动路线，避开蓝色花朵，花朵被触碰后会短暂陷入全黑视野，黑暗状态下跟随场景光圈指引前进，顺着水流方向游走，留意山壁凹陷、水下洞穴拐角，这些位置会放置宝箱，开启部分宝箱之后会触发落石封堵原有通路，寻找石块下方的小型缺口穿行继续探索，不要硬撞封闭墙体。
探索水下宝箱还有不少容易忽略的实用细节，装备金玉手奇术可以加快宝箱交互速度，减少水底停留时间。遇到完全没有换气口的密闭水下通道，尽量提前记好宝箱分布顺序，规划一次性游完的路线，避免中途缺氧倒地。副本类地窟当中的水下宝箱，要留意场景的镜像切换机制，部分水池下水之后会切换场景状态，宝箱只会在特定场景形态下显现，不要反复在同一个水域无效下潜。很多玩家会遗漏水下边角的宝箱，不要只跟随主线标记前进，多转动视角查看水底礁石缝隙、山洞分支，大量隐藏宝箱都放在这些次要分支点位。