重返未来1999更换角色分为更换主界面看板角色、调整出战编队两套操作，战斗回合内不能临时切换场上角色，只能在战前编队界面调整上场人选。很多刚入坑的玩家容易混淆这两种换角色的方式，把看板更换和队伍编队混为一谈，找遍设置界面也找不到入口，熟悉对应的界面路径就能快速完成全部角色调整。
更换主界面展示的看板角色时，先停留在游戏大厅主页面，点击屏幕左下角三条横线样式的菜单按钮，唤出侧边弹出菜单，菜单右下角会出现一个环形样式的切换图标，点击这个图标就能打开角色选择面板。面板右侧会列出玩家已经获取到的全部角色，还可以按稀有度筛选排序，选中想要展示的角色，面板下方会弹出更換按鈕，點擊之後立刻生效，返回主大廳就能看到新的看板角色，已經解鎖的角色皮膚同樣可以在這裏選定，用來替換看板的外觀形象，看板角色只改變大廳顯示效果，不會對關卡出戰陣容産生任何影響。
調整關卡、副本使用的出戰編隊角色，要先找到入场按钮旁边的编队入口，也可以在选择关卡的准备页面点击编队选项进入配队界面。默认编队最多编入三名上场角色，还有备用位可以存放备选角色，点击编队里任意一个角色的头像，会跳转到全角色列表，选中想要替换的角色，就能完成换人，调整完成后记得点击保存编队，不然退出界面改动就会失效。配队的时候要留意角色的属性克制关系，精神、现实两种输出类型尽量搭配，治疗、护盾类辅助角色可以根据关卡敌人的伤害类型灵活替换，遇到高频爆发伤害的关卡优先带上生存向角色，对抗大量小怪时选择范围咒语较多的输出角色，合理替换编队成员能够明显降低通关难度。
还有不少玩家会忽略编队的预设存档功能，在编队界面可以保存多套不同配置的队伍，比如一套通用推图编队、一套针对高难BOSS的特化编队、一套活动副本专用编队，之后不需要每次手动逐个更换角色，直接调取存档方案一键切换整套阵容，节省反复配队的时间。部分限时玩法、高难挑战会锁定出战编队，进入战斗之后就不能再更改角色配置，玩家要在进入战斗前确认编队调整完毕，避免阵容不合适只能退出重开。看板角色可以随时不限次数更换，没有冷却或者资源消耗，玩家可以自由切换喜欢的角色解锁大厅专属互动动作，提升角色的信赖等级。