少年三国志的主角故事设定里，出身于皇宫，幼年被仙师左慈带到渭水仙境抚养长大，渭水仙境就是主角成长生活的核心地点。主角本是汉灵帝的幼子，因为身负帝王命格，担心被朝堂奸佞加害，于是交由左慈带到渭水仙境避世修行，在这片隔绝世间纷争的秘境当中习文练武，拥有远超寻常人的本领，后续因为目睹凡间乱世流离的景象，才走出仙境踏入三国乱世开启冒险旅途。很多玩家容易把后期冒险的城池当成出生地，实际上各类城池只是主线推进之后游历的地点，并不会改动主角固有的身世背景。
渭水仙境只存在于主线剧情叙事当中，不属于可以自由进出的地图副本，游戏内无法手动前往该地点，只会在开篇动画、剧情对话当中反复提及，用来交代主角的身世伏笔。随着主线关卡不断推进，剧情会逐步放出更多细节，交代传国玉玺、左慈师徒关系这类关键线索，串联起主角和汉室之间的深层联系。不少玩家跳过开篇动画之后，会忽略这部分背景信息，只能通过翻阅剧情回放功能，重新查看和渭水仙境相关的过场片段，补齐主角完整的人物故事线。读懂这部分背景，也能更好理解主角在各类剧情事件里的行为动机。
主角的身世背景还和一部分养成玩法形成呼应，主角作为阵容当中不可替換的固定單位，戰力提升需要依靠突破、命星、珍寶等多條養成線並行推進。三國志命星系統收集殘卷點亮命星，能夠直接拉高主角基礎生命、攻擊與防禦屬性，珍寶玩法可以進一步補足暴擊、抗暴等高階屬性，讓主角在中後期陣容裏站穩位置。即便上陣多名強力橙將、紅將，主角依舊固定占據陣容槽位，不能被其他武將替換，身世設定也解釋了主角爲什麽可以周旋在魏蜀吳群雄各大勢力之間，自由結交各路三國武將。日常刷主線副本、挑戰各類活動副本，都可以穩定獲取主角養成所需要的各類資源，優先把主角的養成進度跟上整體隊伍水平，能夠避免實戰當中出現主角率先倒下的情況。
劇情推進到中後期，主角會遊曆中原、隴西等諸多地域，參與討伐黃巾、結識劉關張等經典事件，不過這些都屬于入世之後的經曆，並不是主角的出身地點。部分玩法地圖會複刻三國知名城池，可供行軍、置業、完成任務，這些城池只服務于征戰玩法，和主角原生出身設定互相獨立。區分開劇情出身設定和遊戲可交互地图，能够避免产生认知混淆，不少攻略讨论区经常会混淆游历地点与出身地点，结合开篇剧情就可以理清二者的区别。理解完整的人物背景，也能加深剧情体验，读懂各个章节埋下的故事伏笔。