少年三国志2中副本主要分布在主线征战、日常挑战、名将副本及军团副本四大核心区域，主线征战推进剧情解锁日常挑战与名将副本常驻军团副本需组队参与，不同副本对应的入口位置与开启条件各有明确规范，具体分布与进入方式如下。
主线征战是游戏副本的核心承载入口，位于游戏主界面下方的功能栏中，图标直观标注为“征战”。点击进入后默认展示主线征战界面，该副本区域按照剧情章节进行划分，从黄巾之乱到三国鼎立等经典章节依次排布，每个章节又包含若干普通关卡与精英关卡。玩家只需点击对应章节的关卡图标，即可进入副本战斗，主线副本的解锁与角色等级、上一章节通关情况直接挂钩，随着剧情推进不断开放新的地图副本，是获取经验、装备与养成材料的主要渠道。
日常挑战副本位于“征战”界面的右侧标签页，包含每日副本、试炼之地等核心玩法模块，是获取养成资源的固定途径。每日副本按天开放不同类型副本，如周一开放攻击型资源副本、周二开放防御型资源副本等，每日可参与次数有限制，需合理安排参与时间。试炼之地则按难度分层，从初级到高级逐步解锁，每层设有多个关卡，通关后可获得武将碎片、养成丹等稀缺道具，该副本入口常驻，每日刷新，无需等待解锁，只需满足等级要求即可参与。
名将副本是获取特定武将碎片的专属副本，入口同样在“征战”界面内，与日常挑战并列显示。该副本以三国名将为主题，每个名将对应一个独立副本，需达到指定等级且解锁对应名将后才可进入。名将副本采用闯关制，每关设有不同的通关条件，如限定上阵武将、限制回合数等，通关后可获得该名将的碎片，累计碎片可兑换整将，部分名将副本还会限时开放，需及时关注参与，错过需等待下次刷新。
军团副本是团队协作型副本，需先加入军团后方可参与，入口位于主界面下方的“军团”功能中，进入后选择“副本”标签即可进入。该副本以军团为单位，设有多个BOSS关卡，需军团成员组队挑战，每个关卡有挑战次数限制与通关时间要求，通关后全体军团成员可获得丰厚奖励，包括军团币、养成材料、装备碎片等。军团副本每周定期开放，不同周次开放不同BOSS，需军团全体成员协同作战，充分发挥各武将阵容优势才能高效通关。