燕云十六声推理线索的核心是完整搜集场景、对话、物证三类线索，在推理面板完成线索配对，梳理事件逻辑链条，选出匹配的组合来输出案件结论，线索缺失会直接导致推理选项不全，无法解锁正确结果。推理并不是凭空猜测，整套玩法分为线索搜集、线索甄别、面板配对、复盘校验四个环节，很多人推理失败，大多是漏掉了隐蔽物证或者偷听对话，没有把全部碎片信息解锁出来。
线索搜集阶段需要兼顾多类信息来源，场景内发光物件、尸体痕迹、书信令牌、屋内摆件都属于物证线索，靠近交互即可录入线索库。大量关键信息藏在NPC互动当中，除了直接对话，还要利用窃听、听风辩位的能力，躲在屏风、屋檐、树丛后方偷听人物私下交谈，很多核心事件细节不会在明面上对话给出。部分线索藏在阁楼、暗格、房顶角落，需要借助轻功抵达非常规位置，不要只局限于任务标记的点位，把整个任务区域完整排查一遍，避免出现线索缺口。
拿到一堆零散线索之后，需要做线索甄别，区分核心线索和干扰线索。核心线索能够指向人物动机、行动轨迹、物品来源，干扰线索看似相关，却无法和其他信息形成闭环。梳理的时候可以按照人物关系、事发地点、事件先后顺序对线索做归类，判断哪些信息可以互相印证，哪些信息互相冲突。例如书信记录的行踪，要和NPC口述的见闻、现场遗留物件相互对照，孤立的单条线索不足以支撑推理结论，至少两条及以上线索互相呼应，才可以作为推理依据。
进入推理交互面板时，需要针对当前的问题，从线索库挑选两条乃至多条线索完成配对，不同配对组合会生成不一样的推论。如果可选线索数量偏少，就说明还有线索没有搜集完毕，要返回场景重新搜寻，不要强行用现有线索乱选。提交推论之后，如果逻辑存在漏洞，不会直接给出标准答案，只会给到隐晦提示，指引回到场景查漏补缺。完成正确推理之后，会解锁全新剧情分支，拿到武学残页、声望、特殊外观道具等奖励，部分奇遇还会解锁后续隐藏的任务链条。
日常游玩还有不少实用小技巧，推进探案任务时，尽量不要快速跳过对话，部分对话结束才会解锁对应线索。遇到多人物的复杂案件，优先把人物相关线索全部解锁，再去处理物品类线索，顺着人物关系推进推理，会大幅降低解谜难度。部分推理奇遇会有隐性前置条件，没有完成前置见闻，就算找齐全部物证，推理环节依旧无法正常触发，遇到推理面板异常时，可以回头确认前置见闻是否全部完成。