火影忍者手游决斗场对局内无法直接自由更換備用忍者，只能等待當前上場忍者被擊敗之後，系統自動輪換下一名配置好的忍者，部分擁有特殊機制的忍者可以在戰鬥內部完成角色形態切換，備戰階段能够提前调整忍者出场顺序。很多刚接触决斗场的玩家会混淆形态切换与完整换人，普通3V3模式下，整套对战流程严格按照备战界面编排的1、2、3号位依次上场，场上忍者血量清零退场，才会调用队列里的下一个忍者，不存在按键直接替换存活角色的操作，这是决斗场最基础的规则。备战编辑忍者阵容时，可以长按忍者头像拖动调整顺位，把擅长起手的忍者放在一号位，反手能力强的忍者后置，合理排布出场顺序，能够直接影响整局的对局走向，阵容搭配尽量兼顾先手突进、远程消耗、反手防守，避免三名忍者打法高度同质化，防止被对手单一体系完全克制。
游戏内少数特殊忍者自带局内角色互换能力，这种属于忍者专属技能，并不是通用换人功能，宿命连结鸣佐、秽土金角银角、壹·叁都具备该类机制，操作逻辑各不相同。宿命连结鸣佐在对战当中点击奥义按键就可以完成两个角色互换，切换本身不消耗奥义点数，但是存在固定冷却间隔，普攻过程触发切换，当前角色会把整套攻击动作完整打完再退场，不会直接强行中断招式，两名角色拥有互不干扰的独立血量，技能冷却与奥义点资源互相共用，任意一方血量耗尽，整局就会彻底丧失切换能力，剩余角色还会触发强化状态，备战界面点击忍者名称，还可以修改开局优先登场的人物。秽土金角银角释放技能之后会召唤另一名角色协同进攻，技能效果的黄条存续期间再次释放对应技能就完成换人，旧角色打完一套普攻才会消失，两个角色技能组完全区分，金角偏向远程消耗，银角擅长近距离Y轴突袭，适合用来拉扯骗替身，寻找输出窗口。
熟练利用特殊忍者的换人机制，能够拓展连招思路，还可以用来规避对手的进攻，切换瞬间附带小幅位移效果，虽然没有无敌判定，但反向拉动摇杆，可以让切换登场的角色向远离敌人的方向后撤，拉开安全距离，用来骗对手交出替身或者通灵资源。连招流程里可以在普攻后摇阶段触发换人，衔接另一套技能继续维持连击，延长输出时间，不过切换会存在后摇硬直，对手抓准时机释放突进技能，很容易打出反打，不能毫无顾忌频繁使用。受击硬直状态下多数换人操作无法生效，要尽量在自身安全、没有被控制的时候触发互换，同时时刻留意切换冷却，不要把切换机会全部消耗完毕，保留一次换位手段用来应对对手的爆发攻势。秘卷和通灵释放不会打断角色切换，实战可以搭配秘卷打出组合套路，换位同时释放秘卷，进一步扩大起手的成功率。
除决斗场之外，主界面展示忍者、副本闯关也存在更换角色的操作，主页面点击左下角忍者入口，选中已经解锁的忍者，点击出战，主界面的展示人物就完成更换，这个设置只修改大厅形象，不会改变决斗场的决斗阵容配置。闯关副本的队伍编辑页面，能够自由替换队伍当中的忍者，根据副本特性选择适配忍者，面对大量小怪可以选择大范围清场忍者，对战BOSS优先挑选高爆发抓取类型忍者。不少玩家会把大厅更换忍者和决斗场换人弄混，调整完大厅出战忍者之后，忘记修改决斗场备战阵容，进入对局之后发现出场忍者和预想不一致，正式开打之前，务必要进入决斗场备战页面核对一遍出场顺位与忍者选择，规避这类低级失误。