想要顺利进入口袋妖怪火红五岛仓库，需要集齐两道仓库开门密码，解锁前置岛屿剧情之后前往五岛东侧的五之岛草地，对着仓库大门依次输入密码便可开启入口，完整的前置流程、密码获取途径和闯关细节决定能否顺利推进火箭队支线剧情。
前期先要解锁七岛群岛的出行权限，完成红宝石收集任务之后乘船抵达灯火山，在山体入口附近能够撞见两名火箭队小兵，等待二者交谈结束之后发起对战，对战结束便可听见小兵吐露第一道仓库密码，中文版标准密码为多多蛋蛋，蛋蛋多多，获取第一条暗号之后暂时不用奔赴五岛仓库，直接坐船前往六之岛开启点之穴任务。抵达点位洞穴门口之后使用居合斩切开入口大门，洞穴内部存在多处下落深坑，需要依照上、左、右、下的掉落顺序抵达洞穴最深处，拿到蓝宝石的瞬间就会被火箭队研究员抢走宝石，研究员临走前留下第二道开门暗号化石盔啊盔石化，两道仓库密码至此全部收集齐全。
集齐两道密码之后坐船前往五之岛，先前往城镇内的精灵中心恢复宝可梦状态，随后朝着岛屿东侧前进来到五之岛草地，整片空地深处伫立着火箭队仓库大门，点击大门交互就会弹出密码输入界面，按顺序录入两道暗号，仓库铁门随即解鎖開啓。開啓大門前需要提前做好對戰籌備，倉庫內部遍布大量火箭隊小兵、精英干部，宝可梦阵容优先准备能够应对中毒、混乱、骚扰战术的药剂，携带解毒药、清醒药、大量回血药水，队伍等级尽量维持在四十五级往上，减少闯关途中频繁回城补给的麻烦。
仓库内部设有大量方向传送地砖迷宫，踏入地砖之后角色会被强制推向对应方位，初次进入很容易在通道内来回循环迷路。进入室内之后优先走向左侧通道，踩下向左的传送地砖，抵达位置之后向上踩踏上行地砖，顺着通道前往西北隔间拾取升级道具，击败驻守在此处的女火箭队成员，之后踩踏隔间右侧传送地砖回到迷宫中部。顺着迷宫通路沿途拾取珍珠、大珍珠、陷阱球等散落物资，沿路清理所有火箭队训练家，一路向着仓库最深处前进，打败最后的火箭队干部之后拿回被抢夺的蓝宝石，到此仓库主线流程全部通关，后续再次到访仓库大门不需要重复输入密码，可以直接自由进出探索剩余隐藏道具点位。