江南百景圖中，每個州府最多可建造6座普通倉庫與6座磚砌倉庫，合計12座；此外部分州府有專屬特殊倉庫，不占用上述名額。
普通倉庫是基礎倉儲建築，州府達2級後解鎖，單城上限6座，每座占地1×3格子，需道路連通方可正常使用。初始容量250，升級可提升上限：2級300、3級350、4級600、5級900(九遊)。建造無需補天石，僅消耗少量基礎資源，適合零氪玩家前期快速搭建倉儲體系，緩解爆倉壓力。
磚砌倉庫爲付費擴容選項，單城上限同樣6座，與普通倉庫獨立計數。建造需100補天石，初始容量300，高于普通倉庫1級；升級路徑與普通倉庫一致，5級滿級可達900。零氪玩家可優先將6座普通倉庫升至3級，總容量2100，滿足中期需求；氪金玩家可在普通倉庫滿級後補建磚砌倉庫，進一步拉滿倉儲上限(九遊)。
除常規倉庫外，松江府有專屬倉城，爲不可移動的大型倉儲建築，滿級總容量遠超普通倉庫，且可抵禦倭寇事件損耗(TapTap)。應天府等後期可解鎖大倉庫，單城上限3座，每座提供500容量，需州府8級與70級解鎖條件，屬于後期高端倉儲補充。
仓库布局与运营直接影响城市效率。仓库无法拆除，仅可移动位置，建议集中规划于生产区与码头之间，缩短运输距离(TapTap)。优先保证仓库群道路连通，避免因无道路导致功能失效(九游)。资源管理上，可通过码头跨城调配冗余物资，或利用盐商等特殊运输机制临时扩容，减少仓库爆满损失(TapTap)。