重返未来1999各类谜题没有统一答案，但掌握时空机制、线索搜集、逻辑推演三大核心思路，绝大多数谜题都可以顺利解开，游戏谜题主要分为时空机关、图案拼图、文字密码、空间迷宫四大类型，解谜的核心在于利用怀表回溯功能对比场景变化，挖掘场景隐藏线索。
面对时空类机关谜题，不要把时间回溯仅仅当作失误后的重置手段。很多场景在暴雨前后会出现明显差异，墙面、雕像、壁画会浮现原本隐藏的符号、数字，玩家可以先记录当下场景里残缺的图案，触发怀表回溯切换时空状态，对照两个画面的信息拼凑完整线索。像主线记忆回廊的壁画机关、钟楼表盘谜题，线索都会分散在不同时空，单纯停留在单一时间段内观察很难找到突破口，收集全部线索之后，再按照线索文本提示调整机关顺序。
拼图、线路规划这类图形谜题，优先观察碎片轮廓、图形边缘的匹配结构，不要盲目随意摆放。活动副本内的碎片拼图关卡，如果反复尝试依旧无法对齐，可以利用界面自带的灵光一现功能补齐剩余碎片。网格线路谜题则需要先标记障碍物位置，锁定场景内固定不变的物体作为参照物，规划通行路线，遇到不断循环的迷宫通道，尝试回溯之后反向行进，打破空间循环陷阱。
文字密码与问答谜题，线索大多藏在场景信件、NPC对话、书籍文本当中。部分密码会结合神秘学符号、天文常识、剧情角色相关信息，遇到数字谜题可以留意文本中出现的年代、距离、时间描述，从中提取数列规律。如果初次推理思路不通，建议重新浏览场景内所有可交互文本，容易忽略的小字备注往往就是解开密码的关键。另外解谜前建议完整探索整片区域，避免因为遗漏道具，导致机关无法激活。