搬运东西要通过码头和大地图运输船完成，不能在两个州府之间直接拖动物资。先解锁其他州府，并在当前州府修复码头；修复一级码头通常需要3名居民、200铜钱、80份食物和180份原木，耗时约1小时。码头等级决定运输能力：一级只有1艘船，二级增加到2艘，三级拥有3艘普通运输船和1艘建筑运输船，三级升级需要200补天石。应天府、苏州府等多数州府使用原木，杭州府、徽州府部分码头升级材料则会改为竹子，具体以码头界面显示为准。
发送物资的操作顺序是州府印—大地图—空闲船只—选择目的地—运输物资—选择材料和数量—出发。进入大地图后，点击来源州府的空闲运输船，不要误点已经出发或正在返航的船；选定目标州府后，在物资列表中点击需要搬运的材料，再拖动数量滑条确认装船。运输时间通常按每件物资约30秒计算，例如运输120份材料大约需要1小时，物资较多时应优先使用多艘船分批发送。居民迁移、物资运输和建筑运输属于不同选项，只有三级码头的建筑运输船才能搬运符合条件的特殊建筑。
收货时必须切换到目标州府，在码头岸边找到已经抵达的船并手动点击领取，物资不会因为船只显示已抵达就自动进入仓库。发送前应先检查目标州府仓库的剩余容量，至少预留能够容纳本批物资的空间；如果仓库已经接近上限，优先降低运输数量，或先消耗、出售一部分库存再发船。常见操作错误是只在大地图查看到船已抵达，却没有进入目标州府收货，或者把食物、原木等大批基础材料一次性塞满船，导致等待时间过长、仓库爆满后无法顺利卸货。
不同发展阶段应采用不同搬运方式：刚开苏州或杭州时，优先从应天府运输菜肴、原木、布匹等基础材料，每次只补当前建设所需数量，避免新城仓库容量不足；中期需要频繁建设时，可将一级码头升级到二级，利用两艘船同时运输食物和建材；拥有多个州府后，三级码头更适合长期调度，分别固定船只负责应天府、苏州府和杭州府之间的常用物资流转。若只是补几十份材料，少量快速发船比等待仓库囤满更高效；若是建设大型建筑或集中开荒，则应提前清空目标仓库，并在出发后同步安排生产，减少运输船空闲时间。