燕云十六声病症一共分为神智、内脏、经络、肌骨四大类别，囊括数十种轻重不一的杂症，不同病症拥有独立触发条件、负面属性效果，部分病症还存在多阶段演化机制，病症收集也是解锁医术博物志、完成青溪门派任务的核心内容。各类病症不会凭空产生，大多依靠环境伤害、战斗负伤、误食物品、武学修炼失误以及特殊互动触发，若长期放任病情发展，轻症会持续升级为重症，大幅削弱角色战斗与探索能力。
肌骨类病症属于玩家最容易触发的类型，常见包含脱臼、骨裂、骨折、扭挫、風濕痹。在高處墜落、戰鬥遭受重擊時有概率扭傷骨骼，持續在雨雪寒冷區域長時間停留則容易染上風濕痹。這類病症生效期間會降低身法速度、削弱格擋減傷效果，骨折等重度傷病甚至会限制轻功施展，想要完整收集这条病症线，可以刻意从悬崖低处反复跌落，再借助他人治疗失败推动病症进阶。
内脏类病症种类繁多，代表性病症有曼陀罗毒、鼠疫、赤痢、痨疾、寒疾、阳毒、瘴疟。采摘野外曼陀罗植株会感染曼陀罗毒，进入无忧洞接触鼠类怪物容易患上鼠疫，长期淋雨、置身极寒地带会逐步演化出寒疾，持续处在酷暑区域则积攒阳邪最终转化阳毒。内脏病症大多附带持续气血流失、耐力恢复衰减的效果，其中痨疾由咳嗽、痰涎不断恶化形成，不及时医治最终演变为腑脏劳损，永久降低血量上限，野外探索时需要多加留意身体状态提示。
神智与经络类病症获取门槛相对更高，适合想要完成全病症图鉴的玩家。走火入魔、癫狂、思郁、头风、卒中、浮慢、焚嗔、贪煞都归属于神智病症，修习残缺武学秘籍大概率触发走火入魔，入狱关押一段时间出狱有概率获得思郁、癫狂，多种试炼副本挑战特定首领能够解锁焚嗔、浮慢等特殊外观病症。经络病症以阴气入体、热积、筋痿为主，多数由极端环境迭加错误治疗催生，玩家组队互相医治时故意选用不对症药材，能够加速衍生各类罕见杂症。所有病症都能够前往活人医馆医治，也可自行炼制对应汤药缓解病重值，角色死亡复活会清除大部分普通病症，但特殊剧情病症无法依靠复活解除。