燕云十六声支持双人一起探索，分为大世界自由组队探索和专属双人解谜关卡两种模式，但联机探索存在不少机制限制，并不是所有游戏内容都可以双人同步完成。想要开启双人联机探索，角色需要达到15级，完成主线又见新来燕任务解锁开封鬼市之后，才可以解锁完整的组队功能，打开队伍界面创建队伍，邀请好友入队即可开启双人江湖漫游，PC端与移动端可以互通组队，不会因为设备不同阻断双人探索体验。
大世界双人探索时，宝箱、蹊跷、妙妙喵这类探索收集内容，在300米的有效范围内，两名队员可以共享对应奖励，超出这个距离就无法拿到共享收益，奖励进度以房主的世界进度为准，如果房主已经拾取过该点位，队友即便到场也无法重复获取奖励。双人组队状态下，可以一同清理野外精英怪物、挑战世界首领，怪物难度会跟随房主的等级进行变化，队友能够协助战斗，帮忙处理探索途中拦路的敌人，大幅降低跑图开荒的压力。采集普通野外资源只有进行采集交互的角色可以获得物资，不会双人同步掉落，主線和支線劇情依舊屬于單人內容，隊友只能旁觀，無法同步推進個人任務進度，只能協助處理戰鬥環節。雙人探索還可以使用跟隨功能，一名角色發起同進共退，另一名接受之后就可以自动跟随移动，跑图的时候不用刻意控制距离，避免脫離獎勵共享範圍，結義之後組隊還能拿到攻擊與氣血的屬性加成，進一步提升雙人跑圖的綜合體驗。
除了大世界自由跑圖探索，遊戲內還有專門爲雙人協作設計的捕風尋影夢境關卡，這是一套獨立的雙人探索解謎內容，前往鬼市讀取門口密信，找到NPC倒四爺，邀請隊友組隊就可以進入玩法。進入夢境前兩名角色需要分別選擇信物，竹笛信物可以擊碎巨石，戲遊人信物擁有縮骨穿行的能力，二者技能互補，需要互相配合破解各類地形機關，穿梭山野、客棧、集市多重夢境場景，過程裏藏有大量互動彩蛋與隱藏成就，完成全部章節之後可以拿到對應的道具獎勵。這套關卡也支持單人遊玩，開啓智能AI助戰就能補齊另一套技能，不用強制尋找隊友，但是雙人遊玩才可以體驗全部互動細節，解鎖部分限定雙人成就。
雙人組隊探索也有不少需要留意的細節，部分特殊交互点位只允许房主完成触发，队友只能够旁观，不能直接开启交互。部分镇守副本需要由房主开启任务，移动端作为房主时，部分高难度镇守副本无法开启，仅可以完成基础大世界探索。在双人跑图的时候，尽量选择目标区域探索度较低的角色作为房主，能让双方都拿到更多收集奖励，如果房主该区域探索度已经基本完成，队友加入之后很难获得新的探索收益，会白白浪费联机探索的机会。双人探索更适合刷地图收集、挑战野外BOSS、体验捕风寻影解谜关卡，想要推进个人主线剧情，依旧需要切回单人模式独立完成。