纪念碑谷秘境需要先通关原作全部关卡以及被遗忘的海岸DLC，获取邀请码，再回到各个关卡内找到隐藏几何标记并全部点亮，即可完整解锁秘境内容。秘境不属于主线流程，不会随剧情推进自动开放，很多玩家通关全部内容后找不到入口，核心问题是忽略了关卡场景内的隐藏标记收集环节，只完成通关并不能触发该隐藏板块。
完成被遗忘的海岸全部关卡之后，片尾人员名单结束会展示一串数字邀请码，前往游戏主界面秘境入口，选择输入邀请码完成基础激活，这一步只是解锁秘境的访问权限，此时秘境内部大部分内容依旧处于锁定状态，还需要返回原作与DLC关卡收集场景标记。重新进入各个关卡，不需要完整重打通关，进入关卡场景之后，仔细观察建筑墙体、塔楼侧面、平台角落，会出现一个小巧的几何样式图标，点击该图标出现发光效果，就代表当前关卡标记收集完成，可以直接退出关卡切换下一关，不用走完解谜流程。原作十关加上被遗忘的海岸八关，合计十八处标记，全部点亮之后秘境五张插画内容会依次解锁，部分标记位置隐蔽，需要转动场景调整视角才能够看见，单纯顺着通关路线行进很容易直接错过。
收集标记的时候有不少容易踩坑的细节，部分图标藏在建筑背光面，常规解谜旋转角度看不到，需要手动把结构转到非常规角度，仔细扫视建筑立面，不要只盯着主角行进路径。个别关卡的标记位置高度较高，要把平台抬升到对应高度，让镜头对准建筑上层才会显现，找不到的时候可以缓慢转动转盘，全方位浏览整个场景，不要快速跳过画面。标记点击成功会有明显的光影反馈，如果点击之后没有发光，说明没有命中正确点位，微调视角再次点击即可，已经点亮过的关卡无需重复操作，主界面关卡图标会有对应提示，方便核对哪些标记尚未收集。
成功解锁之后，秘境板块主要展示系列精美概念插画，同时串联游戏的背景故事，能够看到大量主线关卡没有呈现的美术设定，适合喜欢挖掘游戏世界观的玩家。秘境没有操作解谜玩法，更多是通关之后的彩蛋奖励，部分玩家会误以为秘境是全新关卡，实际内容以美术原画、场景概念图为主。如果输入邀请码之后入口依旧锁死，优先核对是否全部DLC关卡完成，再检查每一处隐藏标记，漏点任意一处都会导致部分插画无法开启，重置存档会清空全部标记进度，尽量避免随意重置游戏存档。