燕云十六声水下任务完成的核心在于把控屏息机制、识别水路标识，按照机关顺序逐步解谜，合理规划换气点位避开水下陷阱，跟随光影线索推进流程即可顺利通关。绝大多数水下任务都存在屏息值限制，长时间水下停留会持续消耗耐力，耐力耗尽后持续损失生命值，这也是玩家最容易失败的关键点。下水之后需要时刻留意界面屏息圆环，临近耗尽时尽快上浮至透光水域换气，部分副本内存在沦波舟、密闭水洞等特殊换气点位，长途潜水优先依托这些点位分段前进，不要盲目向深水区域持续下潜。开启探查功能可以强化水下视野，清除水体浑浊带来的视野遮挡，方便定位机关、宝箱与前进通道。
接取水下相关任务后，优先跟随指引抵达水域入口，跳入水中按下潜按键进入水底区域。水底地形错综复杂，大量通道存在岔路，优先跟随水面透射的光线、发光水草流动方向前进，这是地图内置的隐形路线提示。不少水下任务需要激活多处交互机关，机关大多分布在岩壁、水底平台之上，部分解谜存在固定触发顺序，随意激活会导致机关锁定无法推进任务。遇到石门封锁的路段，仔细搜寻周边平台的石板开关，按照线索标注的方位依次踩踏，完成全部机关解锁后水道通路或是干燥通道才会开启。行进途中遇到水下小怪可以选择绕行，水下战斗会额外消耗屏息值，容易出现还未击败敌人就耐力耗尽的情况。
水下探索途中存在大量隐藏陷阱，部分通道悬挂布条障碍物，触碰后会直接受到高额伤害，低矮区域可以借助石块跳跃绕行，狭窄水道缓慢游动规避。开启水底宝箱时也要提前观察环境，不少宝箱开启后会触发落石封堵原有通道，需要提前观察周边岩壁缝隙，预留突围路线。任务需要收集的道具通常放置在沿路宝箱之内，推进主线流程时顺路拾取，避免后续重复往返水路。部分水下区域触碰蓝色花朵会短暂陷入黑暗环境，无需盲目乱跑，跟随漂浮的光圈指引前进，等待环境光亮恢复再继续探索。
完成水底所有解谜、道具收集之后，寻找上浮通道离开水域，回到指定NPC位置交付任务物品即可完成水下任务。想要提升水下探索效率，可以提前熟悉水域换气点位，把沿途宝箱一并收集，一次性完成探索与任务目标。多次溺水卡关时，不要一味强行潜水，重新梳理机关触发顺序，确认是否遗漏隐蔽岩壁上的交互按钮，很多卡关问题都来源于忽略隐藏机关。熟练掌握换气节奏与路线规律后，各类水下解谜任务的推进难度会大幅降低。