飞镖不需要合成或消耗查克拉，关键是先在关卡内取得远程忍具，再按r键发射。基础操作顺序是：用方向键移动到忍具附近，完成拾取后让角色面向目标，短按r即可投掷；a键负责跳跃，b键负责近身攻击，按住b键则会蓄力使用忍术。r键与b键功能独立，不能用蓄力攻击代替飞镖。
第一关优先取得千本，拿到后立即按R测试投掷方向和射程，教学区域中的？提示点会帮助确认操作。继续前进到桥下附近后，向左侧探索可以拿到苦无，取得苦无后再返回主路线；这件远程武器比单纯依靠近身攻击更适合处理距离较远的目标。实际操作时不要贴着敌人使用，先与目标保持一段安全距离，角色停稳、面向敌人后再按R，能够减少跳跃或转身造成的误射。
飞镖最适合用来进行开场消耗、打断远处目标和处理不便接近的敌人，近身敌人则应先用B键攻击，再根据敌人的硬直决定是否补投。面对需要快速解决的目标，可以先投掷飞镖限制行动，再靠近接普通攻击；面对数量较多的敌人，不要连续站在原地投掷，应采用R键投掷—方向键移动—跳跃躲避的节奏。飞镖本身不占用忍术查克拉，但忍术需要按照蓄力等级使用：一格查克拉可释放基础忍术，两格可释放影分身术，三格可释放鸣人连弹，因此远程牵制时应保留查克拉，避免把所有资源都用于强行进攻。
操作中最容易出现的问题是把R键误认为防御、蓄力或普通攻击，尤其在不同火影游戏之间切换时，按键功能可能完全不同；本作应以R键投掷、A键跳跃、B键攻击为准。若按下R后没有飞镖，先检查是否已经拾取千本或苦无，并确认角色没有处于受击、跳跃落地或其他动作硬直状态。关卡中的木叶标志会影响过关评分，探索时不要为了追求投掷速度而直接漏掉沿途标志；先取得远程武器，再利用R键安全清理目标，通常比一路贴身冲刺更稳定。