口袋妖怪火红的道馆需按尼比市、华蓝市、枯叶市、彩虹市、浅红市、金黄市、红莲岛、常磐市的顺序挑战，每条路线都有明确路径与关键道具解锁条件，按此顺序即可顺利抵达所有道馆并完成挑战。从线号道路抵达常青市，再沿2号道路穿过常磐森林，直行就能到达尼比市，岩石系道馆位于城市北侧，道馆内无复杂迷宫，直接向前击败沿途训练家即可挑战馆主小刚，战胜后获得灰色徽章与岩石封技能机。出道馆后向右走，从大木博士助手处获取跑步鞋，沿3号道路前行，经月见山穿过4号道路，即可抵达华蓝市，水系道馆在城市中心区域，内部路径简单，直面馆主小霞的海星星与宝石海星，获胜后拿到蓝色徽章与水之波动技能机。
离开华蓝市后，从5号道路经地下通道进入6号道路，一路向下抵达枯叶市，电系道馆入口被小树阻挡，需先前往枯叶港的圣特安努号游轮，在船长室获得居合斩技能机，让宝可梦习得后斩断小树进入道馆。枯叶道馆内有垃圾箱机关，需连续找到两个开关才能解锁馆主马志士的挑战区域，开关随机分布，打开第一个后第二个必在其相邻垃圾箱，找到后即可挑战，胜利后获得橙色徽章与电磁波技能机。从枯叶市向东经地鼠洞穴回到2号道路，集齐10种宝可梦后可获取闪光技能，再返回华蓝市，从9号道路经岩山隧道抵达紫苑镇，解决宝可梦塔事件后，前往彩虹市，草系道馆位于城市西侧，需用居合斩清理入口小树，内部为简单迷宫，沿主路前进即可挑战馆主莉佳，获胜后获得彩虹徽章与飞叶快刀技能机。
挑战完彩虹道馆后，从12号道路出发，用宝可梦笛子唤醒挡路的卡比兽，沿13、14、15号道路一路南下抵达浅红市，毒系道馆是隐形墙迷宫，进入后先向前触发隐形地板，再按右、上、左顺序踩板，击败训练家后贴右侧墙壁前行，可避开陷阱直达馆主阿桔面前。战胜阿桔后获得浅红徽章与污泥炸弹技能机，接着前往金黄市，需先在彩虹市获取茶水，交给关卡警卫才能入城，超能系道馆内部是传送地板迷宫，按左上、右上、左下的顺序踩传送点，逐步靠近馆主娜姿，其队伍有凯西、勇吉拉等强力超能系宝可梦，击败后获得黄金徽章与精神干扰技能机。
金黄市道馆挑战完毕后，从19号水道冲浪前往红莲岛，火系道馆位于岛屿南侧的研究所内，需先在研究所周边找到道馆钥匙，才能解锁馆主夏伯的挑战区域，内部路径单一，沿通道前进即可，战胜夏伯后获得火山徽章与大字爆技能机。最后回到常青市，此前封闭的地面系道馆已开放，馆主为小茂，队伍包含多种属性的高等级宝可梦，道馆内无复杂机关，直接前进挑战，击败后获得绿色徽章与终极冲击技能机，集齐八枚徽章即可前往联盟挑战四天王。全程需按顺序解锁关键道具，破解对应迷宫，稳步提升宝可梦等级，才能顺利通关所有道馆。