江南百景图使用船只运输，先要修复城市码头解锁航行权限，打开大地图选中空闲船只，选定目标城市，填入物资或者安排居民，确认出发，船只抵达后切换目的地城市手动完成卸货，即可完成完整跨城运输流程。码头是船运玩法的基础，未修复的码头无法调用船只，投入对应建材修复之后，才能开启跨城物资流转，升级码头还可以增加可用船只数量，解锁建筑运输能力，多艘船只同时作业可以加快多个城市之间的资源调配节奏，对于新府开荒能够起到明显助力。操作从发货城市的府印入口展开，点击左下角府印呼出菜单，选择大地图，页面上会展示所有船只状态，只有标记空闲的船只可以调用，处于航行返程中的船只无法执行新任务，点击空闲船只进入运输配置页面，挑选已经解锁的州府作为目的地，再勾选需要输送的各类物资，也可以挑选特殊居民完成迁移，确认全部设置无误点击出发，船只就会驶入航道开启航行。
船只航行途中会展示剩余航行时长，不同城市之间航行基础时长固定，物资数量会改变航行耗时，两份资源对应一分钟航行时间，如果搭载居民，会额外叠加固定时长，所以优先建议人货分开运输，物资运输和居民迁移分开安排航次，混合运送会拉长整体耗时，一旦目标城市仓库爆满，还会出现居民被困船上无法下船的棘手状况。物资运输不要单次满载发送，采用少量多次的运输思路，单次运输量尽量控制在六至八小时航程区间，既不会一次性掏空出发城市库存，影响本地生产建设，也能避免目的地仓库容纳不下造成卡船问题，刚解锁的新城仓库基础容量偏低，开荒阶段尤其需要把控单次运输的物资规模，优先输送木板、砖块、粮食这类刚需建设物资，保障新城基础建造推进。
船只抵达目标城市不会自动卸货，必须切换到收货的州府，在河道码头位置点击抵达的小船图标手动收取货物，仓库剩余空间不足只能收下部分物资，剩余物资会留在船上，船只就会滞留航道无法返航，卡住后续全部运输任务，遇到卡船可以消耗掉目标城市仓库物资，升级仓库扩容，也可以丢弃船上多余物资，清空船上货物船只才能正常回到出发码头恢复空闲状态。除普通资源与居民之外，等级足够的码头还支持运送部分装饰类建筑，将闲置建筑调配到其他城市使用，进一步盘活已有建筑资源。运输居民抵达之后不会自动入住房屋，卸货完成还需要为居民分配住宅，居民才可以正常参与城市生产劳作，这一步很容易被忽略，会出现居民已经运到城市却无法工作的情况。