重返未来1999配队优先遵循体系联动原则，优先搭建成套体系队伍，其次按照主输出、增伤辅助、生存续航的基础框架组合，根据手中拥有的角色、关卡怪物特性灵活调整，新手先培养一套完整开荒阵容，再准备第二支队伍挑战深眠域等高难副本。体系队伍拥有专属联动增益，伤害上限远高于零散角色拼凑的杂牌阵容，主流成型体系包含薪血队、电能队、木启示队、余辉燃烧队，不同体系适配的战斗场景存在明显区别，玩家可以根据抽卡获得的核心主C确定后续培养方向。
薪血队适合长线高压BOSS战，标准配置为狂想诺谛卡、狂想塞梅尔维斯、小瑞安侬搭配野树莓，依靠持续薪血机制层层叠加创伤，野树莓提供护盾与免死效果，抵消主动扣血带来的生存压力。这套队伍上限极高，应对高血量单体BOSS表现突出，短板在于自动作战稳定性一般，需要简单操作把控血量。电能队开荒性价比突出，完整阵容选择狂想露西、哑谜、卡戎、乌尔里希，依靠涌动电场实现群体伤害，哑谜提供全队护盾与负面驱散，清理大批量小怪效率优秀，缺少露西可以更换灰调蓝作为主C完成过渡。木启示队是全自动挂机首选，鹭鸶剪搭配狂想牙仙、泥鯭的士、库珀花环，依靠分裂输出稳定持续造成伤害，主线、资源副本、肉鸽玩法都能通用，对操作要求极低。
缺少限定角色的玩家，无需强行照搬顶配阵容，可以使用功能相近角色进行替换。小瑞安侬、纸信圈儿属于通用增伤辅助，几乎能够适配绝大多数输出队伍；生存位优先选择野树莓、库珀花环、哑谜，兼顾护盾、治疗、负面清除多种功能。新手前期资源有限，不要同时培养多支队伍，先用维尔汀、十四行诗、星锑这类容易获取的角色组建过渡阵容推进主线，积攒资源抽取体系核心角色。配队时还要留意属性克制关系，面对特定灵感敌人，更换对应克制体系，能够有效降低通关难度。
除了角色组合，心相搭配、出牌顺序同样影响队伍实战表现。体系主C优先佩戴专属心相，辅助角色选择提升增益效果、加快能量循环的心相。实战过程中优先打出辅助角色的增益技能，再释放主C的输出咒语，避免增益效果浪费。不少玩家容易陷入只追求高星角色的误区，合理的阵容联动远比单纯堆砌高稀有度角色重要，部分五星角色作为下位替代，合理搭配后也可以顺利打通绝大多数副本。