江南百景图中常规自建仓库无法主动摧毁、拆除或回收，仅松江府专属仓城可在倭寇玩法中被动损毁，不存在一键永久清除自建仓库的操作途径。
常规仓库属于游戏内锁定类基建，和民宅、娱乐建筑机制完全区分，即便进入改布局界面也找不到拆除、回收图标，长按仓库弹出的操作栏仅保留移动、旋转功能，无法将仓库收进建筑仓库跨城调配，升级后的仓库同样不支持降级销毁。各府建造仓库存在数量上限，应天府、苏州府、杭州府最多建造六座，松江府仅能建造两座，一旦完成建造就会永久占用本地地块，新手前期盲目多造仓库后，只能通过调整布局挪至地图边角，无法彻底清除空出地块，不少玩家误以为修路、移动地基能抹除仓库，实际仅改动道路不会对仓库本体产生任何摧毁效果，仓库依旧保留原有存储容量与物资存放功能。仓库占地规格为1×3格子，摆放时必须衔接道路才能正常存物资，即便将仓库四周道路全部清除，建筑本身不会消失，只是进入停工状态，重新铺设道路后即可恢复使用，不存在断路摧毁仓库的隐藏机制。
唯一能触发仓库损毁效果的场景是松江府倭寇入侵玩法，地图自带的北仓、南仓两座仓城会作为攻防据点，若布防失败未能守住据点，仓城会被倭寇摧毁，仓城损毁后不会清空内部储存物资，但会直接丧失存储功能，需要消耗大量原木、黏土、标布等资源重新修复才能再次启用。该仓城属于剧情专属建筑，和玩家手动建造的普通仓库不属于同一体系，这套损毁规则仅适用于松江府限定仓城，其他城市自建倉庫完全不會觸發同類損毀機制，二者不能混淆。應對倭寇損毀倉城的辦法是提前囤積足量防禦物資，在活動開啓前完成據點布防，減少倉城被破壞的概率，若不慎損毀可提前調配跨城物資快速完成修複，避免資源存儲鏈條斷裂。
如果因倉庫過多擠占地塊、布局雜亂，無需執著于摧毀倉庫，可通過多重替代方案解決地塊緊缺問題。第一種方案是優化倉庫布局，將全部倉庫集中安置在地圖邊緣區域，集中配套財神雕像提升資源産出收益，中間地塊留給民居、商棧等核心建築；第二種方案是合理消耗倉庫內冗余物資，通過商棧貿易、鹽商兌換、建造大型基建清空庫存，減少新增倉庫的需求，避免後續重複建造；第三種方案是利用碼頭跨城轉運物資，把當前城市閑置資源運輸至倉庫空間充足的其他州府，緩解單城倉庫壓力，無需額外建造倉庫；第四種方案是升級現有倉庫擴容，三級倉庫存儲量兩千一百格，四級倉庫三千六百格，花費補天石升級單座倉庫，能大幅減少多建倉庫的需求，從根源避免倉庫數量過剩。
长期规划层面，前期解锁地块时不要一次性造满仓库，按照城市开发进度分批建造，新手阶段建造两座仓库即可满足基础物资存储，中期解锁更多生产建筑后再逐步补建，防止后期地块不足却无法拆除仓库的窘境。部分玩家会尝试各类界面操作、道具消耗来摧毁仓库，实测补天石、铜钱、各类活动道具均没有清除仓库的功能，游戏也未上线仓库拆除相关道具，所有网传拆除仓库的操作方法均不符合现有基建规则，仅能依靠布局调整、资源调配、仓库升级三类正规玩法优化仓库使用效率。熟悉仓库不可摧毁的核心机制后，能大幅减少布局返工的时间成本，合理规划仓库数量与摆放位置，让城市地块利用效率最大化。