作物种下去之后最让人头痛的问题就在病虫害上，这东西要是不及时处理的话，后续一整片地都可能直接颗粒无收。要知道病虫害主要分成两大类圣斗士星矢：正义传说，，一类是虫害一类是霉菌病害。虫害的表现是作物上面会出现一些小飞虫，霉菌病害的表现则是作物表面出现白色的粉状物质。这两种病害都会让作物的生长速度变慢，严重的时候甚至会让作物直接枯死。
然后要想处理这些病虫害的话，角色就得先去找到一本农业杂志，这东西一般藏在居民楼客厅的书柜里、独栋别墅二楼的书房书架上，然后还有学校的图书馆里面也能找到。等读完农业杂志之后，自己就能解锁出制作治疗作物疾病喷雾的配方了。具体来说除虫喷雾的制作配方是这样的，首先自己需要准备一个园艺壶，然后再加上3单位的水和5根香烟，这三样东西凑齐之后就能做出除虫喷雾。
防霉菌喷雾的配方则是用园艺壶加上牛奶，不管牛奶是不是新鲜的都行，哪怕是已经变质的牛奶也能用，要是手里没有牛奶的话用打开的淡奶罐头也可以替代。等这两样喷雾做出来之后，自己就只需要右键点击得了病的作物，然后直接选择使用喷雾就行了。除了用噴霧治療之外，對于病蟲害的預防其實會更加重要一些。要知道病蟲害有一個非常討厭的機制就是會互相傳染，要是角色把作物種得太密集的話，一株作物得了病很快整片地都會被傳染鬥羅大陸鬥神再臨。。
所以比較合理的做法是每一塊地之間留出一些間隔，比如種一塊地空一塊地這樣交錯著來，就算某一株作物得了病也不會馬上傳染到旁邊的作物身上。有老手推薦將每四到九塊地連成一片，這樣大部分時候都會是最爲合適的規模，既能方便管理又不会让病害传播得太快。还有一个比较极端的做法就是彻底不管病虫害，完全靠数量硬扛反正种子多的是，病一株就病一株无所谓，靠大量的种植来对冲病害带来的损失。