生化危机9的整体剧情分支就只有一个，而且藏得特别深一直到最后面才冒出来，前面所有的流程不管怎么打都是线性的，不会因为中途做了什么选择就改变结局走向。真正的分支在后期方舟的中央精炼系统那里，具体触发时机是里昂到达中央精炼系统之后，会先播放出一段过场动画。
然后视角会自动跑到格蕾丝那边，等格蕾丝走到里昂所处的那个位置时，关于结局节点分支的选择就冒出来了。这个节点是不可逆的，一旦切换到格蕾丝视角就没法再返回存档点了，所以人物走到这一步之前斗罗大陆斗神再临，，必须得想清楚到底要选哪条路。到了这个分支点之后屏幕上会有两个选项，其中一个是摧毁掉厄尔庇斯，然后另一个是将厄尔庇斯取出。这两个选项对应着两种完全不同的结局走向，要是自己在这里选了毁掉厄尔庇斯，那么后续就会当场跳过最终BOSS环节直接进结局动画。
注意这个结局被普遍看作是坏结局，具体内容就是里昂会牺牲然后格蕾丝独自逃生。而且选了这条路之后，会影响到奖杯和成就的解锁，特别是那个4小时内通关的挑战，选择摧毁厄尔庇斯的话是没法解锁这个奖杯的。不过坏结局通关之后游戏会给出一个重新选的机会，问要不要回到分歧点重新选一次。要是这里自己再选了取出厄尔庇斯，那么就会开始打维克多吉迪恩这名boss。等把维克多干掉之后就能进入好结局，这个结局里昂和格蕾丝都能活下来且危机彻底解除，故事会有一个完整的收尾。
注意打维克多的时候周围散落着不少补给可以捡，中途要尽量多用斧子招架維克多的觸手攻擊，這樣能減少很多自身會吃到的傷害，招架成功之後就猛集火他的頭就行。好結局通關之後同樣可以解鎖對應的獎杯和成就，而且4小時內通關的挑戰必須選這條路才能完成。還有自己在走最後這段劇情前最好先手動存個檔，前面裏昂到了生物武器儲存室11之后恋与深空2-14战斗怎么过！游戏攻略，，会跟那里的一大群舔食者干一架。打完之后先别着急坐电梯，掉头回到B4员工室那里就可以存个档。这里要是继续坐电梯往前走的话，就会直接触发过场动画，然后视角自动切到格蕾丝那边，接着就直接进入结局分支节点了，到那时候想回头都是来不及的。