获得可反复运输物资的船，关键不是单独购买，而是先解锁对应州府，再修复该州府大地图上的码头；码头修复完成后，会直接获得1艘基础运输船。船只属于码头的可用运力，不能在商店中单独购买，也不是靠抽卡获得帝國時代2征服者怎麽結盟遊！。需要注意，驿站探險裏的“修船”主要用于推進劇情、解鎖新州府，不等于已經擁有跨城運輸船無盡的拉格朗日721導彈如何-，。以解鎖蘇州爲例，應先進入應天府驿站，完成“應天城郊”相關探險任務，再從大地圖進入蘇州府，尋找城內廢棄碼頭進行修複。
修複碼頭是獲得第一艘船的唯一核心步驟，操作順序爲進入目標州府，點擊廢棄碼頭，查看修複條件，安排工人並提交材料，等待建造完成。常見初級碼頭的修複條件爲3名工人、1小時；不同州府的碼頭可能要求當地特産材料，具體數量以建築面板顯示爲准。修複成功後，返回左下角“州府印”，打開“大地圖”，點擊碼頭旁標記爲“空閑”的船，就能選擇目的地和運輸內容。新手階段應優先修複應天府碼頭，再把菜肴、蔬菜、原木、木板等基礎物資運往剛開啓的蘇州，能夠明顯緩解蘇州人口不足、生産效率低和倉儲空缺的問題。
想增加船的數量，應繼續升級同一座碼頭，而不是重複尋找新的船。普通碼頭升到2級後，可用船通常增加到2艘；以竹碼頭爲例，1級升2級需要4名工人、250銅錢、90份菜肴和230根竹子，建造時間爲2小時。升到3級後，可用普通船增加到3艘，並額外解鎖1艘建築運輸船，但該階段需要消耗200補天石。資源緊張的新手只需先保持1級，用一艘船集中運輸開荒物資；需要同時搬運居民、物資，或多個州府往返調配時，再優先升到2級。補天石有限的玩家不必急著升3級，只有頻繁轉移特殊建築、長期經營多座城市時，建築運輸船才更有價值。
派船时要从大地图点击空闲船，先选目的地，再选择“迁移居民”“运输物资”或“运输建築”；特殊居民每人通常占用30分鍾運輸時間，物資則按裝載數量計算，建築運輸需要更長時間並只能由建築運輸船完成。船抵達後不能只在大地圖上點擊船標領取，必須切換到目的地州府，在碼頭附近點擊停泊的運輸船完成卸貨，物資全部收取後船才會恢複可用。若船只顯示忙碌，應先檢查是否仍在航行、目的地是否尚未卸貨，或其他船正在執行居民和建筑运输任务。普通运输船适合日常补给和人员调动，3级码头额外获得的建筑运输船则应留给限时建筑、特殊建筑或跨城布局调整使用。