第二银河中旗舰无法通过个人直接获取，核心途径是加入活跃军团，由军团解锁蓝图、筹备资源并在主权星系生产部署，玩家满足资格后可被任命驾驶旗舰。
获取旗舰的核心前提是加入具备主权的军团。旗舰是军团专属战略舰船，四大阵营各有专属旗舰，其蓝图仅能通过军团蓝图集册解锁，解锁进度与军团占据的主权星系数量直接挂钩。军团需持续参与主权争夺战，扩张势力范围，逐步解锁高阶旗舰蓝图，蓝图解锁后永久有效且不会在生产中消耗。无主权的军团无法解锁蓝图、建造船坞或启动生产，因此选择长期活跃、专注主权扩张的军团是获取旗舰的第一步游戏攻略少年三国志零最强吴国阵容怎么玩，。
旗舰生产需军团统筹资源与生产线筹备。生产核心材料为军团矿物，这类矿物仅能通过军团主权星系的精炼厂采集，需军团成员协作完成采集运输斗罗大陆游戏怎么装备武魂20。军团默认拥有一条生产线，可通过在主权星系建设基础装配中心增设生产线，提升生产效率。生产流程分两阶段，先消耗军团矿物生产舰体、武器、能源等核心模组，再将模组在军团生产线组装为完整旗舰，整个过程依赖军团整体实力，不受个人生产技能加成。军团需在主权星系建造旗舰船坞，船坞分5级，每级新增一个泊位，是旗舰部署与停靠的必要设施。
旗舰部署与装配需军团管理员操作。生产完成的旗舰存放于军团仓库，需副军团长及以上权限的管理员将其部署至主权星系的旗舰船坞。部署后需完成组件装配，旗舰武器与基础装置固定，可根据战术需求搭配防御、辅助类组件，组件同样由军团生产线制造。装配完成后，还需生产能量块作为旗舰战斗核心能源，保障武器与装置正常运转，能量块需定期补充，由管理员在船坞操作添加。
玩家驾驶旗舰需满足双重条件并完成登记。玩家需先完成对应阵营的旗舰驾驶资格审核任务，获取驾驶权限。随后需获得军团团长或副团长任命的旗舰驾驶员职务，才能进行登记操作。登记时在旗舰管理面板绑定对应旗舰，单艘旗舰仅能绑定一名驾驶员，绑定关系需管理员或驾驶员本人解除。登舰时驾驶常规舰船前往旗舰船坞，通过交互按钮登舰，登舰后原舰船自动归还船坞，即可操控旗舰执行作战、跃迁等任务。