迷失岛2通关核心是按场景顺序收集道具、破解谜题，串联现实与过去双线线索，依次解锁游轮、灯塔、工厂、神庙与火箭场景，最终集齐能量块启动飞船完成一周目，二周目需额外收集三角块解锁隐藏密室与真结局。
游戏开局从公寓出发，先在房间收集铅笔、蓝莓等基础道具，记录黑板与日记本的符号线索，用铅笔复原日记本缺页内容，获取时光机密码雏形。前往灯塔途中拾取空瓶子，灯塔内解开电路谜题，拿到鱼饵与摇柄，二楼与戴围巾的人物对话，交换空瓶得到漂流瓶，记下瓶中图案作为神庙开门线索。随后前往游轮，甲板用喇叭引飞鱼并收集，二楼用鱼饵喂鱼得到密码63942，输入密码开啓下層船艙，與小女孩對線，調准時鍾進入房間，用搖柄啓動八音盒獲得樂譜DGEGDA榮耀足球（星耀），同時收集藍色翅膀形石塊。
進入工廠區域，先在橋上獲取結構圖與空瓶，解開大門一筆畫謎題進入內部，左側拿燈泡、電腦處取時間石塊，修複破損電線開啓內側房間，破解石板排列谜题拿到鲁特琴。将飞鱼交给研究员换取刀，剖开游轮下层大鱼得到鱼骨头与矛头，集齐时光机所需的空间与时间石块，输入密码启动时光机穿越至过去。过去场景中，在海边与小男孩对话，驱赶蜥蜴与海鸥获取白色羽毛安全工程师新题库！，挖掘地面得到异形块，结合漂流瓶图案打开神庙大门。神庙内给守卫蓝莓换取曼陀罗花，用其催眠蜣螂记下背部花纹，破解神庙密码门，进入内部收集远古符石。
返回现实后，将蓝色羽毛交给游轮甲板人物获得化石蛋，在工厂碾压机粉碎化石蛋得到种子，回到过去将种子交给小男孩，再返回现实发现大树已长成，攀爬至山顶火箭处。输入工厂房间图案密码进入火箭，二楼放置异形块获取红花，破解休眠仓密码与宇航员对话，得知飞船需蓝色能量块。前往工厂09房间，按外星人图案放置道具获得金色石饼，回到神庙嵌入石饼，对照石像眼睛方向调整机关，拿到蓝色能量块。将能量块放入火箭一楼，按石柱线索校准仪表盘，启动火箭完成一周目通关。
二周目需在一周目通关后重启游戏，开局在桥上拾取神秘三角块，灯塔二楼获取新提示纸条，收集六个三角块（分别位于桥上、怪物床、神庙外大石、船舱桌子、火箭二楼、石碑阴影处）。工厂新增铁箱子，用红珠子激活密码装置，按神庙章鱼图案点亮对应位置，解锁密室后集齐所有隐藏道具，最终触发真结局，解锁“宇宙的尘埃”等隐藏成就。整个过程需注重线索关联，反复穿梭现实与过去核对信息，道具收集与谜题破解同步推进，避免遗漏细节导致卡关。