迷失岛2神秘红球主要分布在海滩、灯塔顶层、工厂内部、金字塔密室以及火箭基地这五个关键场景中，玩家需要按剧情推进顺序逐一解锁场景，完成前置互动后才能顺利获取全部红球。
海滩场景是玩家最先接触红球的地方，到达海滩后先找到搁浅的小船，点击船身获得船桨，再用船桨撬开沙滩右侧的木箱，木箱打开后即可看到第一颗神秘红球。拿到红球后需前往灯塔，灯塔一层需要先完成密码解锁，密码藏在灯塔外墙的符号提示里，对照符号顺序输入即可打开楼梯门，沿着楼梯走到顶层，点击顶层窗户旁的红色按钮，灯塔灯光亮起后，窗户凹槽里会自动出现第二颗神秘红球，这颗红球是推进工厂剧情的关键道具，不可遗漏。
进入工厂前需先在灯塔下方拾取钥匙，用钥匙打开工厂大门，工厂内部分为车间和控制室两个区域，先进入车间，点击左侧的机器开关启动传送带，传送带运转后，传送带末端的铁盒会打开，从中获取第三颗神秘红球。随后前往控制室，操控控制台的拉杆调整管道流向，让水流注入右侧的蓄水罐，蓄水罐满后地面暗格开启，暗格中能拿到第四颗神秘红球，拿到后可前往金字塔场景。金字塔入口需要集齐石板碎片解锁，碎片分布在工厂车间和海滩礁石处，集齐后拼好石板进入金字塔天仙月（寻道回合）！，在金字塔最深处的密室里，破解墙壁上的图案谜题，按照圆形、三角、方形的顺序点击图案，密室中央的石台会升起，上面摆放着第五颗神秘红球。
玩家需先完成金字塔内的石像互动，获得火箭启动的核心零件，带着零件前往地图最上方的火箭基地，组装好零件后打开火箭舱门，舱门打开后不要直接进入火箭，先查看舱门左侧的储物柜，储物柜里就是最后一颗神秘红球。全部红球集齐后，可回到灯塔顶层将红球放入对应凹槽，解锁隐藏剧情，触发游戏的额外结局，同时红球收集进度也会同步更新，方便玩家核对是否有遗漏。玩家在收集过程中要注意场景互动的先后顺序，部分场景若未完成前置操作，红球不会出现，需要重新完成互动后再进行拾取。