文明6摧毁自身城市无法直接操作，需通过外交交易后宣战夺回、诱导城市叛乱独立、借助MOD或控制台等间接手段达成，且首都无法被常规摧毁，操作时要注意军事、外交与城市机制的细节限制。
游戏未设置直接摧毁自建城市的功能，核心迂回方法是外交转卖加战争摧毁。先选中要废弃的非首都城市，打开外交界面与相邻文明谈判，将城市作为交易品附加金币、资源等筹码，提升AI接受概率，完成交易后城市归属变更。随后立即对该文明宣战，集结近战单位为主、远程单位为辅的军队，远程单位先消耗城市城墙与生命值，再用近战单位占领，占领界面会出现保留或夷为平地选项，选择夷为平地即可永久清除城市，地块回归原始状态。此过程要确保军力占优，避免AI反击，且宣战会引发外交不满，交易时优先选关系较差的文明荣耀足球（星耀），，减少后续外交负面影响。
非战争手段可通过降低忠诚度让城市獨立叛變。刻意撤走城市駐守單位、停止食物與産能供給，拆除周邊農場、牧場等改良設施，搭配降低宜居度的政策卡，讓城市忠誠度持續下滑。當忠誠度歸零時，城市會脫離控制成爲自由城市，此時可放任不管或放棄爭奪，也可等其他文明接管後再宣戰摧毀。這種方式無需主動宣戰，但耗時較長，且自由城市易被第三方文明搶占，適合不想引發大規模戰爭、緩慢清理低效城市的場景。
技術流可通過MOD或遊戲控制台快速實現。Steam創意工坊的CheatMapEditor、AdvancedCheatMenu等MOD，安裝啓用後會新增城市刪除功能，在城市管理界面可一鍵摧毀，部分MOD還能突破首都限制。控制台則需開啓調試模式，輸入對應指令刪除城市，但操作較繁瑣。這類方法便捷高效，但屬于非官方修改，可能影響成就解鎖與存檔穩定性，適合單機自定義玩法，不建議用于多人對戰。
摧毁城市前要做好前置准备，先拆除城内所有建筑、区域，转移人口与可用单位，避免资源浪费。同时明确首都无法被常规摧毁，只能放弃或放任占领，所有操作优先针对非核心城市。核武器可直接摧毁城市但会留下辐射，影响地块长期产出，蛮族或城邦也可能偶然摧毁城市，但概率极低、不可控，常规自毁仍以交易宣战、降低忠诚、MOD三种方法为主。