纪念碑谷2的隐藏关分布在主线章节的特定场景中，核心隐藏关集中在第四章吊桥、第七章高塔、第十四章瞭望台，还有失落森林章节的隐藏路径，需通过特定机关操作与建筑旋转解锁，并非独立于主线的额外章节，而是主线内的隐藏秘境。
第四章吊桥关卡的隐藏关在第三个场景，常规通关是让女儿踩下粉色按钮升起建筑后直接进入下一场景，解锁隐藏关需先让萝尔进门，再让女儿按左侧粉色按钮，萝尔按住圆形浅黄色按钮，同时转动圆柱让女儿来到身边，二人共同进门后，不要急着推进，旋转旁边的转轴建筑，会出现隐藏梯子，顺着梯子向上走，就能抵达隐藏关场景，这里能看到吊桥完整全景，还能触发母女专属互动剧情，场景里的几何建筑会呈现出与主线不同的视觉效果，机关逻辑也更精巧，需要反复调整建筑角度才能通过。
第七章高塔关卡的隐藏关位于场景三，常规流程是向上旋转建筑让主角走到发光小人处，回到场景二后直接进入最高层门，解锁隐藏关需在回到场景二后，连续四次转动建筑，此时会浮现出隐藏平台，平台上有灰色按钮，踩下按钮后建筑会重构，原本封闭的空间会打开，出现通往隐藏场景的路径，这个隐藏关以多层旋转高塔为核心，需要操控角色在不同高度的平台间穿梭，利用视觉错觉搭建通路，每一次建筑旋转都要精准把控，稍有偏差就会错过隐藏路径，场景内的光影与建筑线条也会随机关变化，带来全新的解谜体验。
第十四章瞭望台的隐藏关在第三个昼夜转换场景，常规操作是移动整体建筑让萝尔按粉色按钮转换场景后直接推进，解锁隐藏关需在转换场景后，再次转动建筑，会发现隐藏的两孔移动墙，操控移动墙调整位置，让萝尔抵达隐藏的触发点连击无双（别碰这三国-商城版），，同时点击场景内的壁虎元素，触发隐藏机关后，会开启通往隐藏关的通道，这个隐藏关结合昼夜交替与建筑旋转，解谜难度更高，需要同时把控时间与空间的双重变化，还能解锁专属成就，场景中的星空与建筑倒影会形成独特的视觉奇观，是游戏中极具意境的隐藏秘境。
失落森林章节的隐藏关则贯穿全章节，需在每个场景收集隐藏的几何图标，第一个场景先让角色走到移动桥梁，将三孔墙移上来，角色乘其到下方后天仙月（寻道回合）！，通过隐藏梯子爬到上方，找到隐藏门进入；后续场景要依次踩住粉色按钮、转动旋转轴承，调整建筑结构让角色抵达隐藏的黄色按钮处，每一步都要避开常规路径，探索建筑的背面与缝隙，收集齐所有图标后，会解锁失落森林的终极隐藏关，这里的机关融合了前序所有隐藏关的玩法，需要灵活运用视觉错觉、建筑旋转与角色配合，才能完成最终解谜。