口袋妖怪火红前往其他岛屿需先达成通关与图鉴条件，再通过枯叶市码头乘船，逐步解锁通行证与全岛权限，核心流程为击败四天王、升级全国图鉴、获取三岛通行证与彩虹通行证，依次解锁一至三岛与四至七岛，完成宝石任务后即可自由往返所有岛屿。
一周目击败四天王与冠军后，回到真新镇找大木博士，当图鉴收录宝可梦达到60种及以上，博士会将图鉴升级为全国图鉴，这是解锁后续岛屿的前提条件。随后前往枯叶市港口，与码头水手对话，搭乘希加罗普号前往一之岛，抵达后前往宝可梦网络中心，与锦辉对话触发任务，得知需要红宝石修复机器。从一之岛出发前往灯火山，山脚处击败两名火箭队成员，进入深处洞穴找到红宝石，返回网络中心交给锦辉，即可获得三岛通行证，此时可自由往返一、二、三岛神之路（仙梦寻缘）。前往二之岛会触发寻找小迷的剧情，前往三岛击败暴走族，在树果森林找到被素利拍围困的小迷，解救后带回二之岛，可获得月之石奖励，完成这段基础岛屿剧情后，即可推进更高岛屿的解锁。
拿到红宝石并交付后，锦辉会告知还需寻找蓝宝石，同时给予彩虹通行证，持有该通行证就能前往四、五、六、七岛。从枯叶市码头再次乘船，出示彩虹通行证即可选择前往四之岛，四之岛有培育屋可进行宝可梦培育，进入冻瀑洞窟，内部可获得秘传学习器07攀瀑，登上瀑布后会与四天王的科拿联手对抗火箭队成员。接着前往五之岛，岛西侧有NPC会赠送宝可梦蛋，进入不归之穴完成相关对战后，可解锁高级度假村的奖励，此时五之岛的火箭队仓库因缺少密码无法进入，需前往六之岛推进剧情。六之岛通过水之步道与绿之步道抵达记号树林，穿过树林后到达点之穴，对洞穴大门使用居合斩进入，在底层找到蓝宝石时会被火箭队研究员抢走，同时获得火箭队仓库的第二个密码。
获取密码后返回五之岛，进入火箭队仓库，一路击败内部的火箭队成员，与抢走蓝宝石的研究员对战，胜利后夺回蓝宝石。带着蓝宝石回到一之岛的宝可梦网络中心，交给锦辉完成机器修复，至此七岛全部解锁，可随时从枯叶市码头乘船前往任意岛屿。七岛有训练师塔可挑战，每层都有强力训练师，通关顶层可获得战斗纪念章，岛屿南侧的遗迹山谷深处有七座遗迹，完成内部推石谜题后，可遇到形态各异的未知图腾。各岛屿还分布着稀有宝可梦与隐藏道具，四之岛冻瀑洞窟深处可捕捉稀有冰系宝可梦，五之岛的草地能遇见高个体值的普通系宝可梦，六之岛的遗迹区域与七之岛的训练师塔周边，都有专属的野生宝可梦刷新，完成全岛探索可大幅完善图鉴收集。