选人环节直接关系到后续通关的难易程度。初始可选角色通常包括五星鸣人、五星佐助和五星小樱，其中鸣人因技能适配性广且进化路线灵活（如一尾、四尾、仙鸣等形态）成为多数玩家的首选。佐助的疾风形态喷火技能适合独臂流打法，而小樱的抓取技能在特定关卡有优势，但整体泛用性较低。需注意角色解锁条件，例如使用特定角色击败隐藏BOSS后可解锁我爱罗、迪达拉等强力角色，这些角色在后期关卡中表现更为突出。
选人时需结合流派规划，主流打法包括奥义流、秘卷流、分身流和普攻流。奥义流依赖高爆发奥义技能，需优先选择邪化凝练永恒查克拉等强化奥义伤害的能力；秘卷流以水龙卷、十字连柱为核心，搭配秘卷增伤和减CD效果；分身流需强化分身持续时间与伤害，配合灵魂链接提升生存率；普攻流则需获取岩落等改变普攻形态的技能。若选择远程系角色如天天，可走普攻高伤路线，但需提前在幻之恩赐中解锁该类型忍者。
携带英雄之证通关第七关可解锁少年奇拉比、木叶丸等自闭系忍者，这类角色属性较低但具备特殊机制。使用修炼归来的花火或神秘拖地男通关可进一步解锁大国工匠等进阶角色。部分隐藏角色如鲛肌融合鬼鲛需在特定事件中触发，遇到白或宇智波杨戬等NPC时需留意对话选项。解锁秽土转生系角色需收集红绿蓝纸鹤字条，分别对应天天、卡卡西和李洛克通关第五关的成就。
前两关建議選擇保命能力強的角色如鳴人，優先獲取回血、減傷類技能；中期可切換爲高爆發角色如卡卡西快速清怪；面對最終BOSS仙人兜時，推薦使用秘卷流或奧義流角色，確保能應對其三階段技能機制。選人階段還需兼顧通靈獸與秘卷的協同效果。蛤蟆廣能提供穩定輸出，適合分身流或站樁打法；帕克可阻擋視線幹擾，适合走位需求高的场景。秘卷方面游戏攻略全民奇迹重生装备如何进阶，，水龙卷控场能力强，适合新手；一字连柱爆发高但需精准操作。伙伴系统如蛤蟆龙、猿罗的增益效果也需纳入考量，尤其在无尽模式中，伙伴的持续伤害和辅助能力至关重要。