中期阶段（即击败血肉墙进入困难模式后），玩家的核心目标是应对世界剧变带来的挑战并逐步提升装备实力。首要任务是使用神圣之锤摧毁恶魔祭坛或猩红祭坛，每次摧毁会为世界生成新三矿：钴蓝/钯金矿、秘银/山铜矿、精金/钛金矿。优先制作钴蓝或钯金钻头以提高采矿效率，随后逐步升级装备至精金或钛金套。注意腐化之地与神圣之地的蔓延，可通过人工隔离带或环境改造枪控制。进入困难模式后，怪物强度显著提升，建议在冰雪环境搭建战斗平台，利用穿墙武器对抗新增敌怪。
中期另一重点是击败机械三王（毁灭者、双子魔眼、机械骷髅王）真实驾驶模拟3D，，建议按毁灭者→双子魔眼→机械骷髅王的顺序攻略。毁灭者作为机械蠕虫形态的BOSS，可使用穿透性武器如代达罗斯风暴弓高效应对；双子魔眼需搭建多层平台灵活走位；机械骷髅王则需优先击破其双臂以降低威胁。击败机械三王后，丛林将生成世纪之花花苞三国志战略版如何阻止部队回城游戏攻略。，破坏后触发世纪之花战斗。此阶段装备推荐神圣套或对应职业的进阶套装，并携带提高机动性的翅膀类配饰。
神圣与邪恶生物群系的蔓延会侵蚀可用地形，需通过挖设至少6格宽的隔离带或使用环境改造枪喷洒相应溶液阻隔。地下丛林和地牢等区域会刷新强力敌怪，需针对性准备抗性药水与场地BUFF（如篝火、心形灯笼）。神圣宝箱怪与腐化宝箱怪可掉落关键配饰，如代达罗斯风暴弓或虎爪，需通过对应环境钥匙召唤。
中期后期需为挑战世纪之花与神庙做准备。击败机械三王后，丛林地下会生成粉色花苞，破坏后召唤世纪之花。该BOSS拥有高伤害与穿墙攻击能力，建议使用高机动性装备并搭建环形轨道辅助战斗。击败世纪之花后解锁神庙，内部机关与石巨人BOSS需使用电池召唤。石巨人掉落日耀碑牌等进阶装备，为后续月总战奠定基础。此阶段可同步收集生命果与魔力水晶，将生命值与魔力值提升至上限。神圣之地会生成独角兽等新增敌怪，击杀可获取祝福苹果等实用坐骑；地下雪原的冰龟壳与寒霜核可合成冰翅膀，大幅提升空中机动性。