混沌深网是一个常驻挑战玩法，其核心目标是通过完成一系列推演节点来积累积分，从而兑换包括通用饰品、男主通用服装、玩家自身服装、耳饰及大量钻石在内的丰厚奖励。该玩法需要玩家等级达到45级并通关主线特定章节后解锁，每次推演包含多种节点，完成全部节点、战斗失败或主动中断推演都会进行结算，获得推演积分、通用因子、搭档因子与金币。累积的推演积分是领取阶段奖励的关键，玩家可以在相应的委托报酬界面查看详细的奖励列表。
在开始挑战前，充分的战前准备至关重要，这涉及到难度、搭档以及战斗资源的战略性选择。玩家需根据自身实力选择难度，困难模式对阵容和策略有更高要求。系统每两周会提供一位试用搭档，与试用搭档共同作战能获得更多用于解锁强化效果（基因）的搭档因子神之路（仙梦寻缘），。玩家在混沌深网中将使用自己已拥有的思念（卡牌），其等级、觉醒状态和叠阶会与玩家仓库中的状态同步，因此高练度的卡牌能提供显著优势。每次推演结束后，务必在备战界面使用获得的通用因子和搭档因子，将基因树中所有可点亮的强化效果激活，这会直接提升下一局推演的初始战斗能力。
在推演过程中，玩家会获得名为代码的道具来强化作战能力，代码分为通用代码和搭档专属代码。重点围绕重击和共鸣进行构建，例如优先选择能强化重击伤害、或在重击后提升溯光共鸣伤害的代码。在通用代码的选择上，可优先考虑直接提升技能伤害的重击类，以及能帮助清理群怪的召唤类，以应对副本中的大量敌人。在实际战斗流程中，通常优先使用共鸣技能来展开力场并破除敌人护盾，随后衔接高频的重击进行输出。玩法二期更新后引入了代码屏蔽功能，允许玩家屏蔽不想要的代码类别，从而更快地收集到目标套组战神新世纪：刀刀送钻，，提升成型效率；推演中出现的商店节点也值得利用，购买道具能加速资源收集。
玩家可以按照既定的选项路线来达成特定的结局以完成收集，例如最后的告别等结局都有对应的选项组合。推演结束时显示的结局名称可能与收录合集里的名称略有不同，但这并不影响奖励的结算。版本更新，该玩法也在不断丰富，例如加入了AI机器人小馄饨辅助作战，新增了踩格子、躲飞盘等小游戏节点。