失落的方舟船只升级核心材料为普通木材、高级木材、普通船舶零件材料、高级船舶零件材料、专属船只图纸，高阶升级还需雷击木材、死者帆布、傲慢钢材、稀有船舶配件材料、特制钢板、海洋精华等专属特殊素材，同时需要消耗海盗币与各类港口硬币完成兑换与升级操作。
船只升级遵循通用材料框架与专属定制素材结合的规则，低阶升级以基础资源为主，1至3级阶段主要消耗普通木材、普通船舶零件材料与少量高级船舶零件材料，搭配对应船只的基础图纸即可完成进阶，不同船只图纸不可通用，例如布兰斯图纸、阿斯特雷图纸、埃博恩伤口图纸均为独立掉落与兑换道具，无法跨船使用。进入4级之后，材料数量与品质同步提升，普通木材用量大幅增加，高级船舶零件材料成为刚需，图纸需求也从十张量级提升至数十张，同时会解锁专属特殊材料门槛，幽灵船升级需要死者帆布，阿斯特雷与布兰斯需要雷击木材，特拉贡则需要傲慢钢材，这类特殊素材只能通过对应航海活动、岛屿任务与限定商船兑换获取，无法通过常规加工制作。
船舶零件材料是升级过程中消耗量最大的通用耗材，普通与高级零件均需在主城加工师处制作，以铁矿石、木材与金币为原料合成，等级越高所需零件数量呈阶梯式增长，高阶升级还会解锁稀有船舶配件材料，进一步提升制作门槛。木材类素材可在港口商船直接购买，也能通过领地生产与航海打捞稳定获取，普通木材获取渠道宽泛，高级木材则依赖商船兑换与活动奖励，不建议用海盗币直接兑换图纸，性价比偏低斗罗大陆斗神再临，，通过海上开箱、流浪商船购物与航海任务获取更为划算。
船只等级提升会直接增加耐久度、航行速度与抗灾能力，减少恶劣海域损耗，提升远洋作业效率，长期航海玩家建议优先升级常用船只，集中囤积材料避免分散消耗，提升整体航海体验。