进入二周目的前提条件是必须完整通关一周目主线剧情，包括击败最终Boss并收集所有关键道具。一周目通关后，系统会在主菜单自动解锁新游戏+选项，选择该选项即可开启二周目。需二周目并非简单重复一周目内容，而是会重置所有谜题、任务和探索进度，同时新增隐藏区域、强化敌人机制并调整部分剧情逻辑。部分关键道具如蓝色方块和红色珠子需重新收集，但部分基础解谜规则会保留。
二周目新增的核心内容集中在神庙密室、金字塔密室和工厂铁箱三个区域。玩家需在灯塔二楼左侧墙面获取六个三角形石块的分布图，随后在游戏进程中依次收集这些石块。它们的位置包括：初始场景的桥梁、工厂章鱼怪附近、神庙左侧石台、船舱左下角、金字塔旁石碑以及火箭二楼。这些石块是开启神庙二楼新增密室的关键，而该密室中的壁画密码将直接影响最终结局的解锁方式。
工厂区域新增的铁箱机关需结合神庙密室壁画提示解开，答案与壁画中章鱼眼睛的睁开状态相关。解开后获得的铁锥需带回神庙密室，与光柱互动触发NPC对话，从而获取金字塔密室的最终密码。金字塔密室外部的华容道谜题需通过移动目标方块至右侧完成，内部则需根据NPC提供的数字密码（如4325）调整铁棒长度。这一系列操作将揭示游戏的真实结局。
二周目的隐藏成就与新增探索内容深度绑定。玩家需特别注意废桥新增的红梯子场景摩天大楼打造记汉化版，、船舱内的球体道具以及外星人区域的互动变化。部分谜题答案与一周目存在关联，例如神庙密室墙上的八个圆需对照金字塔门口墙壁缝隙中的制作名单图案进行破解。最终飞船起飞前，需严格遵循老人动作提示调整红点位置，這一步驟直接決定二周目是否完整完成。