清理摩尔庄园农场杂物要根据目标类型切换农具：杂草用镰刀，树枝和树木用斧头，石块用镐子。进入家园或农场后，点击界面下方箭头打开工具栏，选择对应农具，再移动角色靠近目标，等杂物出现可交互提示后连续点击右侧使用按钮，直到目标消失。初次进入农场时，优先按照梅森的引导清理指定区域；如果接到“清理农场路面上的杂物”任务，通常需要清除5个路面杂物，完成数量后即可领取任务奖励。
小型杂物可以直接用基础工具处理，但不同工具不能混用。绿色杂草对应镰刀，靠近后连续使用即可清除；枯树枝、小树和木桩对应斧头，切换斧头后对准目标反复砍伐；石块和矿石对应镐子，使用镐子敲击到采集进度完成。清理过程中会获得木材、矿石、纤维等材料，这些物品不要随意出售或丢弃，可用于升级农具、制作设施和完成部分生产需求。
新手阶段应先清理任务要求的5个杂物和准备种植区域，不必一开始就把整个农场全部清空，这样能减少来回切换工具的时间，也能保留木材、矿石等资源用于后续升级。需要开垦土地时，必须先清除目标格上的杂草、树枝和石块，再使用耙子开垦；耙子负责把空地变成耕地，不能替代镰刀、斧头或镐子。中期玩家可以按“杂草—树木—石块”的路线连续处理，清理一片后再统一拾取掉落物，减少重复移动。
遇到杂物无法清除、工具使用后没有进度或目标提示变红时，应先确认工具是否选对，再检查农场主等级和农具等级是否满足要求。部分较大的树木、石块需要提升对应工具后才能采集，反复点击基础工具不会提前清除。前往开心农场的梅森小屋，在农具升级设备处查看镰刀、斧头和镐子的升级条件，准备好木材、矿石和摩尔豆后再进行强化；工具等级提高后，单次对素材造成的伤害增加，处理同一批杂物所需的操作次数也会减少。清理完成后，保留一块连续空地用于种植，剩余区域可根据农田、牧场和装饰摆放规划逐步整理。