口袋妖怪火红中，琥珀化石（神秘琥珀）在尼比市博物馆后院获取，需用居合斩砍树进入，交给红莲岛研究所科学家可复活为化石翼龙。
获取琥珀化石的核心前提是拿到秘传机居合斩并让宝可梦习得。居合斩可在枯叶市港口的圣安奴号船上，战胜劲敌后从船长处获得，是探索早期隐藏区域的关键技能。抵达尼比市后，前往城市北侧的博物馆，避开正门，绕到建筑右侧，可见一棵小树挡住小径，使用居合斩砍断树木后，即可进入博物馆后院的小屋。屋内有一名研究员，与其对话后直接获得神秘琥珀，该道具存入关键物品栏，无需额外条件。
拿到琥珀化石后，需前往红莲岛的宝可梦研究所完成复活流程。红莲岛位于真新镇南侧，需宝可梦习得冲浪后，从线号水路南下抵达。进入研究所后，找到右侧房间的科学家，将神秘琥珀交给他，此时队伍中必须预留至少一个空位，否则无法接收复活后的宝可梦。交付后走出研究所再重新进入，即可领取等级为30的化石翼龙，其属性为岩石与飞行，速度种族值高达130，是队伍中强力的速攻手。
除琥珀化石外，游戏内还有其他化石可供收集，玩法互补。月见山深处击败火箭队后，可从研究员处选择甲壳化石或贝壳化石，前者复活为化石盔，后者复活为菊石兽，同样在红莲岛研究所复活。这些化石宝可梦与化石翼龙属性互补，能丰富队伍的属性覆盖，适配不同对战场景。
探索時需注意，尼比市博物館正門需付費進入，且僅能查看展品，無法獲得琥珀化石，切勿誤走正門浪費資源。若早期未習得居合斬，可先推進主線劇情，拿到居合斬後再返回尼比市获取琥珀化石，无需担心错过收集时机。合理规划路线，提前准备好居合斩与冲浪，能高效完成化石收集与复活，助力队伍战力提升。