想要抵达鬼系道馆，需要先完成紫苑镇宝可梦塔剧情拿到西尔弗观测镜，解救富士老人获取宝可梦之笛，再推进到金黄市，清除火箭队势力之后，才能够进入金黄市的鬼系道馆内部进行挑战。很多玩家会卡在前期流程，没有完成前置任务时，道馆入口会被火箭队人员阻拦，无法直接进入，必须顺着主线一步步解锁条件，不能通过抄近道直接闯入道馆。
流程起点在紫苑镇的宝可梦塔，进入塔内会遇到无法正常对战的幽灵宝可梦，没有西尔弗观测镜只能逃跑，需要先前往玉虹市的游戏厅，进入地下的火箭队秘密基地，击败坂木拿到西尔弗观测镜之后，返回紫苑镇宝可梦塔继续向上推进楼层。塔内会遇到大量通灵师训练家，宝可梦以鬼斯、鬼斯通为主，多携带毒系副属性，提前准备超能或者地面属性宝可梦会降低对战难度，一路向上，在高层击败挡路的嘎啦嘎啦幽灵，清掉剩余火箭队手下，救出富士老人，富士老人赠送宝可梦之笛，完成这一段关键剧情。拿到宝可梦之笛之后，南下12号道路，唤醒挡路的卡比兽，穿过地下通道前往玉虹市，在玉虹市大楼获取茶水，将茶水交给关卡守卫，守卫放行之后即可正式进入金黄市，此时城市街道遍布火箭队成员，鬼系道馆大门依旧处于封锁状态，依旧不能挑战。
进入金黄市之后，首要目标是城市中央的西尔弗公司大楼，大楼一共十一层，遍布传送地板与电子锁门，需要先拿到钥匙卡才可以打开全部封锁房门。直接搭乘电梯到达五楼，击败沿途的火箭队研究员，踩上旁边的传送地板，再次踩回原地之后向右移动，拾取地上的钥匙卡道具。拿到钥匙卡后前往三楼，用钥匙卡开启上锁房间，踩下房间内传送地砖跳转至七楼，在这里会遭遇劲敌对战，打赢之后和旁边NPC对话可以领取乘龙，继续利用传送地砖抵达十一层，击败火箭队老大坂木，解救公司社长，事件结束后火箭队全员撤离金黄市，至此鬼系道馆的封锁彻底解除，就可以前往城市东北角落的道馆入口进入内部。
鬼系道馆内部全部依靠传送瓷砖来移动，没有普通的连贯道路，踩上一块地砖就会被随机传送到道馆其他位置，道馆内分布多名通灵师训练家，宝可梦等级集中在38至42级，以鬼斯通、梦妖、耿鬼这类鬼系宝可梦为主，部分宝可梦附带催眠术、诅咒等干扰招式，进入道馆前记得多携带解异常的药品，宝可梦尽量回复满状态再入场。想要找到馆主，优先选择踩靠右侧区域的传送地砖，避开反复循环的几组传送点位，多试探不同地砖的跳转位置，避开重复传送回路，逐步向道馆中间位置靠拢，途中可以选择性打完所有训练家获取经验，也可以直接找路径直奔馆主房间，对战馆主时，恶属性、地面属性招式可以有效打出伤害，普通属性和格斗属性招式会对鬼系宝可梦完全无效，对战中一定要规避使用这类招式，避免输出完全落空。