口袋妖怪火红中，七岛通行证分为两部分，前三岛的三岛通行证由正辉在红莲岛击败夏伯后赠予，后四岛的七彩通行证则在一之岛网络中心，将红宝石交给研究员阿锦后获得。
获取三岛通行证是探索七岛的第一步。玩家需先抵达红莲岛并击败道馆馆主夏伯，离开道馆后，正辉会在馆外等候，主动邀请前往七岛，对话后即可获得三岛通行证，可自由往返一之岛、二之岛、三之岛。若当时拒绝，后续可在红莲岛宝可梦中心找到正辉，再次对话仍可获取通行证并出发。拿到通行证后，从枯叶市港口乘坐海烈焰马号渡轮，便能抵达七岛区域。
解锁后四岛的七彩通行证，需完成二周目前置与红宝石收集。玩家要先击败四天王成为冠军，且宝可梦图鉴收录至少60种宝可梦，回到真新镇找大木博士升级为全国图鉴。之后前往一之岛，在岛屿北部的灯火山洞穴中，借助碎岩与怪力技能穿越地形，击败洞内火箭队成员，找到红宝石。将红宝石带回一之岛的网络中心交给阿锦，他会赠予七彩通行证，此时便可前往四之岛、五之岛、六之岛、七之岛。
七岛各岛有丰富玩法与隐藏奖励。二之岛可接取找回失踪女孩的任务，前往三之岛击败暴走族，在森林深处找到女孩并送回，能获得月之石。四之岛有冰冻洞窟，可捕捉稀有冰系宝可梦，还能与剧情NPC对战提升实力。五之岛存在火箭队仓库，破解密码后可获取大量道具与经验，岛屿左侧还能领取宝可梦蛋。六之岛有遗迹区域，需解开机关才能进入，内部藏有进化石与稀有宝可梦。七之岛则有训练家塔，可连续挑战强力训练家，刷取大量经验与奖励，同时能捕捉到关都地区少见的宝可梦种类。